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万見
- PDB-1eyx: CRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN AT 2.2 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eyx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF R-PHYCOERYTHRIN AT 2.2 ANGSTROMS
要素(R-PHYCOERYTHRIN) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / R-PHYCOERYTHRIN / MACROSEEDING / TWIN / PROTEIN STRUCTURE / SEQUENCES / PHYCOBILIPROTEIN / RED ALGAE
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / PHYCOUROBILIN / R-phycoerythrin beta chain / R-phycoerythrin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gracilaria chilensis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Contreras-Martel, C. / Legrand, P. / Piras, C. / Vernede, X. / Martinez-Oyanedel, J. / Bunster, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and 2.2 A resolution structure of R-phycoerythrin from Gracilaria chilensis: a case of perfect hemihedral twinning.
著者: Contreras-Martel, C. / Martinez-Oyanedel, J. / Bunster, M. / Legrand, P. / Piras, C. / Vernede, X. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2000年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年3月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
G: R-PHYCOERYTHRIN
H: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,10718
ポリマ－74,0236
非ポリマー6,08312
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21680 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area28020 Å2
手法PISA
2
A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
G: R-PHYCOERYTHRIN
H: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
G: R-PHYCOERYTHRIN
H: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子

A: R-PHYCOERYTHRIN
B: R-PHYCOERYTHRIN
K: R-PHYCOERYTHRIN
L: R-PHYCOERYTHRIN
G: R-PHYCOERYTHRIN
H: R-PHYCOERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,32054
ポリマ－222,07018
非ポリマー18,24936
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area77450 Å2
ΔGint-668 kcal/mol
Surface area71640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.268, 187.268, 59.109
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AKBL

#1: タンパク質 R-PHYCOERYTHRIN


分子量: 17770.857 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST / 参照: UniProt: Q7SIG0
#2: タンパク質 R-PHYCOERYTHRIN


分子量: 18634.182 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST / 参照: UniProt: Q7SIF9

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 GH

#3: タンパク質・ペプチド R-PHYCOERYTHRIN


分子量: 606.694 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / Organelle: CHLOROPLAST

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非ポリマー , 4種, 122分子

#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#6: 化合物 ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H42N4O6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
解説: A PERFECT HEMIHEDRAL TWINNED CRYSTAL. STANLEY DISTRIBUTION, 1.44. TWIN FRACTION, 0.48.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 MM HEPES, 500 MM SODIUM CHLORIDE, 50 MM POTASIUM CHLORIDE, 15 MM SODIUM AZIDE, 16% AMMONIUM SULPHATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 294 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112-15 mg/mlprotein1drop
216-18 %satammonium sulfate1reservoir
3200 mMHEPES1reservoir
4500 mMsodium chloride1reservoir
515 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9783
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9783 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→42.55 Å / Num. obs: 38751 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.039 / % possible all: 89.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 123143
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
XDSV. 1998データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LIA

1lia


解像度: 2.25→999 Å / Num. parameters: 2290 / Num. restraintsaints: 3005 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1856 5.3 %RANDOM BY LAYERS
all0.18 34796 --
obs0.192 -94.6 %-
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 5654
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 440 110 5719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.091
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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