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万見
- PDB-5o7m: Single-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7m
タイトルSingle-shot pink beam serial crystallography: Phycocyanin (One chip, chip_1)
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycocyanin / Serial Crystallography / Pink beam
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Meents, A. / Oberthuer, D. / Lieske, J. / Srajer, V. / Sarrou, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Pink-beam serial crystallography.
著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / ...著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / Ogata, C.M. / Kissick, D.J. / Taft, M.H. / Manstein, D.J. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / Fischetti, R.F. / Chapman, H.N.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4395
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7663
水1,20767
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,63630
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area60700 Å2
ΔGint-521 kcal/mol
Surface area68060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.800, 187.800, 60.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 6.4
詳細: PC was crystallized in 1.5 M Ammonium Sulfate solution, 25 mM MES pH 6.4. The protein crystals appear overnight in 1 mm inner diameter capillaries. The PC crystals size (30 to 40 um) is ...詳細: PC was crystallized in 1.5 M Ammonium Sulfate solution, 25 mM MES pH 6.4. The protein crystals appear overnight in 1 mm inner diameter capillaries. The PC crystals size (30 to 40 um) is correlated to the protein concentration, which varied between 10-15 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.15-1.25
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月9日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.151
21.251
反射解像度: 2.46→100 Å / Num. obs: 8931 / % possible obs: 60.02 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 47.57
反射 シェル解像度: 2.46→2.57 Å / 冗長度: 11.83 % / Num. unique obs: 462 / % possible all: 25.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
Precognitionデータ削減
PHASER位相決定
Epinormデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBO

1jbo


解像度: 2.46→14.917 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.55 / 位相誤差: 14.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1962 892 10.02 %Same as for 5MJP
Rwork0.142 ---
obs0.1475 8905 59.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→14.917 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 129 67 2694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.833638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0171578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4602-2.61360.2251650.1573573X-RAY DIFFRACTION26
2.6136-2.81420.21471020.1615901X-RAY DIFFRACTION41
2.8142-3.09510.21411320.16291166X-RAY DIFFRACTION53
3.0951-3.53770.19961630.14731571X-RAY DIFFRACTION70
3.5377-4.43760.19042110.12371865X-RAY DIFFRACTION84
4.4376-14.91780.17942190.13771937X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1295-0.0659-0.00350.0342-0.01420.3740.0071-0.0048-0.00830.050.0085-0.1659-0.0415-0.0547-0.00220.1066-0.02970.03140.04380.020.174434.0445-2.202824.4657
20.12260.1004-0.00930.105-0.07840.2237-0.0252-0.0785-0.00120.01340.06020.03520.0270.10710.02410.07990.00260.03380.0681-0.03180.136335.4507-36.634523.2185
30.4299-0.2869-0.09170.3464-0.1350.3638-0.122-0.03140.0241-0.0856-0.0761-0.14750.15070.0251-0.87270.07660.02810.0750.0614-0.02530.068429.4465-26.560623.4498
40.14070.01920.09750.00630.03590.2483-0.063-0.0008-0.0253-0.0356-0.07570.1127-0.1012-0.1156-0.28110.20030.0210.10740.0783-0.09130.174731.9442-11.88512.068
50.3828-0.07460.1250.1908-0.07590.4068-0.16490.09170.06230.0275-0.0634-0.11120.0951-0.0637-0.41920.134-0.00610.05560.06330.03290.153534.917111.118315.6076
60.25330.0960.0840.2763-0.16590.19750.103-0.0319-0.0675-0.0803-0.0837-0.06460.0886-0.0917-0.03860.14220.0377-0.05370.0949-0.0260.059317.471719.573513.8151
70.1894-0.26960.08360.4363-0.09880.26680.11480.2045-0.0604-0.2747-0.14540.08440.04810.0299-0.07430.25320.0168-0.01360.1067-0.02010.089827.196513.129210.4548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 174 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 20 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 21 through 62 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 101 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 102 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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