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- PDB-1mjq: METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mjq
タイトルMETHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE
要素
  • METHIONINE REPRESSOR
  • MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / METJ / METHIONINE REPRESSOR / SHEET-HELIX-HELIX / S-ADENOSYL METHIONINE / DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MET Apo-Repressor, subunit A / MET Apo-Repressor, subunit A / Methionine repressor MetJ / Methionine repressor MetJ domain superfamily / Met Apo-repressor, MetJ / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / DNA / DNA (> 10) / Met repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER METHODS / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Garvie, C.W. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Direct and indirect readout in mutant Met repressor-operator complexes.
著者: Garvie, C.W. / Phillips, S.E.
履歴
登録1998年1月30日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
F: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
K: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
L: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
A: METHIONINE REPRESSOR
B: METHIONINE REPRESSOR
C: METHIONINE REPRESSOR
D: METHIONINE REPRESSOR
G: METHIONINE REPRESSOR
H: METHIONINE REPRESSOR
I: METHIONINE REPRESSOR
J: METHIONINE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,68820
ポリマ－119,50012
非ポリマー3,1878
水3,351186
1
E: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
F: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
A: METHIONINE REPRESSOR
B: METHIONINE REPRESSOR
C: METHIONINE REPRESSOR
D: METHIONINE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,34410
ポリマ－59,7506
非ポリマー1,5944
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
L: MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
G: METHIONINE REPRESSOR
H: METHIONINE REPRESSOR
I: METHIONINE REPRESSOR
J: METHIONINE REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,34410
ポリマ－59,7506
非ポリマー1,5944
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.420, 119.420, 84.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: DNA鎖
MUTATED MET CONSENSUS OPERATOR DUPLEX


分子量: 5817.808 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: SELF-COMPLIMENTARY SEQUENCE BASED ON THE UNDERLYING CONSENSUS SEQUENCE OF NATURALLY OCCURRING MET OPERATORS BUT WITH TWO CG BASE-STEPS MUTATED TO TA
#2: タンパク質
METHIONINE REPRESSOR


分子量: 12028.607 Da / 分子数: 8 / Mutation: Q44K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: METJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8U6
#3: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: THE FULL COMPLEX WAS USED AS A SEARCH MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT, THE SECOND HALF OF THE METJ COMPLEX FROM 1CMA BEING GENERATED BY THE RELEVANT CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD.
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN (10MG/ML) + SAM(1.5MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 28-38% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 6.0-7.0, 40MM CACL2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PROTEIN11
2SAM11
3DNA11
4MPD11
5SODIUM CACODYLATE11
6CaCl211
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
24 mg/mlDNA1drop
31.5 mg/mlSAM1drop
420 mM1dropMgCl2
520 mM1dropCaCl2
610 mMsodium cacodylate1drop
720 mMsodium cacodylate1reservoir
828-38 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: RHODIUM COATED MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→27.17 Å / Num. obs: 125697 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
Num. obs: 51762 / Num. measured all: 125697
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.197

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.86精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER METHODS
開始モデル: PDB ENTRY 1CMA

1cma


解像度: 2.4→27.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. IN GENERAL, ALL EIGHT MONOMERS DISPLAY LITTLE OR NO DENSITY FOR THE FIRST TWO RESIDUES AND A VARIED DEGREE OF DISCONTINUOUS AND/OR ILL-DEFINED DENSITY FOR THE REGIONS ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. IN GENERAL, ALL EIGHT MONOMERS DISPLAY LITTLE OR NO DENSITY FOR THE FIRST TWO RESIDUES AND A VARIED DEGREE OF DISCONTINUOUS AND/OR ILL-DEFINED DENSITY FOR THE REGIONS 13 - 18, 76 - 83, AND 90 - 104.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2538 5.6 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 45112 85.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6760 1544 216 186 8706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.503 124 6.3 %
Rwork0.383 1857 -
obs--56.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAMETER.ELEMENTSTOPOLOGY.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION4SAM.PARSAM.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.86 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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