PDB-4q70: Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q70

タイトル

Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a femtosecond X-Ray laser

要素

C-phycocyanin alpha chain
C-phycocyanin beta chain

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Femtosecond Crystallography Phycocyanin Photosynthesis / Phycobilisome

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Fromme, P.

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Observations on the Light Harvesting Protein Phycocyanin structure in high resolution using a femtosecond X-Ray laser
著者: Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Brune, D. / Fromme, P.

履歴

登録	2014年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q70.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q70.ent.gz	163.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q70.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lia-4 1phn-3 3o2c-1 1lia-5 3o18-1 2c7j-1 1ktp-3 1f99-d 3v57-2 4f0t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain

ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain

ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	5_554	x-y,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	6_554	-x,-x+y,-z-1	1

2

A: C-phycocyanin alpha chain

B: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
225 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_554	y,x,-z-1	1
crystal symmetry operation	5_554	x-y,-y,-z-1	1
crystal symmetry operation	6_554	-x,-x+y,-z-1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.800, 192.800, 62.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-329- HOH
2	1	B-303- HOH

#1: タンパク質	C-phycocyanin alpha chain 分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質	C-phycocyanin beta chain 分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 14187

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 10-18 % PEG 3350, 10-100 mM NaCl, 0-100 mM MgCl2, pH 7.0, Batch, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 283 K
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.34 Å
検出器	タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射	モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→36.436 Å / Num. all: 37798 / Num. obs: 37798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.37

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1675	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Cheetah		データ収集
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→36.436 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2746	1952	5.16 %
R_work	0.2042	-	-
obs	0.2079	37798	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.71 Å² / B_iso mean: 29.0429 Å² / B_iso min: 3.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2497	0	129	189	2815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	2674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	3636
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.703	954

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.8963	0.4237	130	0.3552	2544	2674
1.8963-1.9476	0.4119	143	0.3452	2556	2699
1.9476-2.0049	0.4144	147	0.3336	2524	2671
2.0049-2.0696	0.3906	147	0.3164	2546	2693
2.0696-2.1435	0.3726	109	0.2944	2565	2674
2.1435-2.2294	0.3339	136	0.2656	2545	2681
2.2294-2.3308	0.3233	135	0.2555	2566	2701
2.3308-2.4537	0.3276	132	0.2401	2551	2683
2.4537-2.6073	0.3313	146	0.2243	2555	2701
2.6073-2.8086	0.263	140	0.2051	2553	2693
2.8086-3.0911	0.2679	146	0.1825	2553	2699
3.0911-3.5381	0.2303	139	0.1529	2585	2724
3.5381-4.4563	0.1717	150	0.1253	2568	2718
4.4563-36.4428	0.2027	152	0.1291	2635	2787

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0711	0.1169	-0.1698	0.1858	-0.2792	0.415	-0.0992	-0.0894	0.1075	0.0559	-0.1235	-0.1182	-0.1438	0.0453	-0.0599	0.123	0.035	-0.0253	0.1503	-0.0589	0.2243	-10.5386	-24.2158	-36.8612
2	0.2463	0.019	-0.0205	0.1064	-0.1	0.0443	-0.0308	-0.1352	-0.1173	-0.0191	0.0489	0.0946	-0.0098	0.0115	0.0001	0.1496	-0.0015	-0.0234	0.207	-0.0226	0.26	-37.1464	-23.7783	-38.0924
3	0.423	0.1237	-0.0425	0.3543	0.1725	0.4626	-0.0138	-0.0266	-0.1399	-0.0097	0.007	0.1726	-0.0763	0.0212	-0.0009	0.1581	0.0022	-0.0059	0.1642	0.0084	0.1857	-38.653	-13.0251	-38.0635
4	0.3862	0.0647	-0.2074	0.0163	-0.022	0.1244	0.1327	-0.1515	0.0872	0.0712	0.0044	0.1191	-0.2558	0.037	0.2691	0.1595	0.0237	0.0882	0.1758	0.1126	0.0288	-5.8404	-34.5988	-12.4284
5	0.0808	-0.2092	-0.0945	0.7704	0.177	0.0506	-0.0813	0.0328	-0.1668	0.1059	-0.1105	0.1923	-0.0352	0.0661	-0.2179	0.1478	0.0161	0.0289	0.2095	0.0213	0.1666	-28.8643	-18.0216	-14.2724
6	0.11	-0.167	0.0191	0.239	-0.0236	0.1417	-0.0879	-0.0716	0.0321	0.0999	0.1737	-0.1256	-0.0542	0.0653	0.1143	0.1039	0.0564	-0.0941	0.2468	-0.0325	0.0928	-24.2225	-9.5555	-17.2182
7	0.0957	-0.198	-0.1	0.5367	0.1721	0.3196	-0.0359	-0.155	0.0623	0.2047	0.2294	-0.2289	-0.1438	-0.0533	0.6616	0.1667	0.0368	-0.1033	0.2119	0.0001	0.1307	-22.3184	-11.9478	-9.0327
8	0.5334	-0.304	-0.1957	0.5926	-0.2403	0.529	-0.2368	-0.0078	-0.0377	0.2394	0.0294	-0.0565	0.0613	-0.0051	-0.5541	0.1432	0.0841	0.009	0.2153	0.0016	0.0843	-29.5917	-25.7679	-10.7509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 67 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 162 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 21 through 75 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 76 through 99 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 100 through 142 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 143 through 172 )	B

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関連情報:EMDBヘッダ

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