[日本語] English
万見
- PDB-4q70: Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q70
タイトルLight Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a femtosecond X-Ray laser
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Femtosecond Crystallography Phycocyanin Photosynthesis / Phycobilisome
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Fromme, P.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Observations on the Light Harvesting Protein Phycocyanin structure in high resolution using a femtosecond X-Ray laser
著者: Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Brune, D. / Fromme, P.
履歴
登録2014年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4395
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7663
水3,405189
1
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,31815
ポリマ－107,0206
非ポリマー5,2989
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area25050 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area42720 Å2
手法PISA
2
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,63630
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,59618
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-11
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-11
Buried area61460 Å2
ΔGint-514 kcal/mol
Surface area74080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.800, 192.800, 62.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-329-

HOH

21B-303-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 14187

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7
詳細: 10-18 % PEG 3350, 10-100 mM NaCl, 0-100 mM MgCl2, pH 7.0, Batch, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.436 Å / Num. all: 37798 / Num. obs: 37798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.37

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1675精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Cheetahデータ収集
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→36.436 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 1952 5.16 %
Rwork0.2042 --
obs0.2079 37798 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.71 Å2 / Biso mean: 29.0429 Å2 / Biso min: 3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.436 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 129 189 2815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4253636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.703954
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.89630.42371300.355225442674
1.8963-1.94760.41191430.345225562699
1.9476-2.00490.41441470.333625242671
2.0049-2.06960.39061470.316425462693
2.0696-2.14350.37261090.294425652674
2.1435-2.22940.33391360.265625452681
2.2294-2.33080.32331350.255525662701
2.3308-2.45370.32761320.240125512683
2.4537-2.60730.33131460.224325552701
2.6073-2.80860.2631400.205125532693
2.8086-3.09110.26791460.182525532699
3.0911-3.53810.23031390.152925852724
3.5381-4.45630.17171500.125325682718
4.4563-36.44280.20271520.129126352787
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07110.1169-0.16980.1858-0.27920.415-0.0992-0.08940.10750.0559-0.1235-0.1182-0.14380.0453-0.05990.1230.035-0.02530.1503-0.05890.2243-10.5386-24.2158-36.8612
20.24630.019-0.02050.1064-0.10.0443-0.0308-0.1352-0.1173-0.01910.04890.0946-0.00980.01150.00010.1496-0.0015-0.02340.207-0.02260.26-37.1464-23.7783-38.0924
30.4230.1237-0.04250.35430.17250.4626-0.0138-0.0266-0.1399-0.00970.0070.1726-0.07630.0212-0.00090.15810.0022-0.00590.16420.00840.1857-38.653-13.0251-38.0635
40.38620.0647-0.20740.0163-0.0220.12440.1327-0.15150.08720.07120.00440.1191-0.25580.0370.26910.15950.02370.08820.17580.11260.0288-5.8404-34.5988-12.4284
50.0808-0.2092-0.09450.77040.1770.0506-0.08130.0328-0.16680.1059-0.11050.1923-0.03520.0661-0.21790.14780.01610.02890.20950.02130.1666-28.8643-18.0216-14.2724
60.11-0.1670.01910.239-0.02360.1417-0.0879-0.07160.03210.09990.1737-0.1256-0.05420.06530.11430.10390.0564-0.09410.2468-0.03250.0928-24.2225-9.5555-17.2182
70.0957-0.198-0.10.53670.17210.3196-0.0359-0.1550.06230.20470.2294-0.2289-0.1438-0.05330.66160.16670.0368-0.10330.21190.00010.1307-22.3184-11.9478-9.0327
80.5334-0.304-0.19570.5926-0.24030.529-0.2368-0.0078-0.03770.23940.0294-0.05650.0613-0.0051-0.55410.14320.08410.0090.21530.00160.0843-29.5917-25.7679-10.7509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 67 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 162 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 20 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 21 through 75 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 76 through 99 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 100 through 142 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 143 through 172 )B0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る