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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4q70 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Light Harvesting Protein Phycocyanin in high resolution using a femtosecond X-Ray laser | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Femtosecond Crystallography Phycocyanin Photosynthesis / Phycobilisome | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | ![]() Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Fromme, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHEDタイトル: Observations on the Light Harvesting Protein Phycocyanin structure in high resolution using a femtosecond X-Ray laser 著者: Fromme, R. / Roy-Chowdhury, S. / Basu, S. / Yoon, C. / Brune, D. / Fromme, P. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4q70.cif.gz | 198.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4q70.ent.gz | 163.3 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4q70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 4q70_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 4q70_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
| XML形式データ | 4q70_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 4q70_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/4q70 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | x 6![]()
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| 単位格子 |
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| Components on special symmetry positions |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032 | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033 | ||||
| #3: 化合物 | | #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 14187 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 277 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 10-18 % PEG 3350, 10-100 mM NaCl, 0-100 mM MgCl2, pH 7.0, Batch, temperature 277K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 283 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.34 Å |
| 検出器 | タイプ: Cornell-SLAC Pixel Array Detector (CSPAD) / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日 |
| 放射 | モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 1.34 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 1.85→36.436 Å / Num. all: 37798 / Num. obs: 37798 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.37 |
-位相決定
| 位相決定 | 手法: 分子置換 |
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解析
| ソフトウェア |
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→36.436 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 116.71 Å2 / Biso mean: 29.0429 Å2 / Biso min: 3.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.436 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
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ムービー
コントローラー
万見について





Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
X線回折
引用









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