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- PDB-7rlx: Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRAAGQPA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rlx
タイトルAntibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRAAGQPA
要素
  • 2F2 Fab heavy chain
  • 2F2 Fab light chain
  • peptide from Circumsporozoite protein variant VK210
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Kucharska, I. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 4件
組織認可番号国
Other governmentOntario Early Researcher Awards program カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation カナダ
Other governmentOntario Research Fund カナダ
Other governmentCanada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats.
著者: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P.
履歴
登録2021年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 2F2 Fab light chain
A: 2F2 Fab heavy chain
P: peptide from Circumsporozoite protein variant VK210


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0433
ポリマ－50,0433
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.615, 60.810, 81.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.573, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-304-

HOH

21A-320-

HOH

-
要素

#1: 抗体 2F2 Fab light chain


分子量: 24284.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2F2 Fab heavy chain


分子量: 24046.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド peptide from Circumsporozoite protein variant VK210 / CS


分子量: 1711.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) / 参照: UniProt: P08677
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium acetate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→29.71 Å / Num. obs: 31038 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1962 / CC1/2: 0.603

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xiw

1xiw


解像度: 1.97→29.71 Å / SU ML: 0.256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.1884
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 1552 5 %
Rwork0.186 29479 -
obs0.1884 31031 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3408 0 0 177 3585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01513503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32394771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0819537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.67551250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.030.33271290.27472449X-RAY DIFFRACTION90.65
2.03-2.110.2841400.24332661X-RAY DIFFRACTION99.19
2.11-2.190.30021420.21172685X-RAY DIFFRACTION99.54
2.19-2.290.26631420.21362694X-RAY DIFFRACTION99.58
2.29-2.410.28131410.2032714X-RAY DIFFRACTION99.48
2.41-2.560.26891410.19872680X-RAY DIFFRACTION99.75
2.56-2.760.25821430.20622717X-RAY DIFFRACTION99.31
2.76-3.040.2691420.2152692X-RAY DIFFRACTION99.65
3.04-3.480.28631430.19662710X-RAY DIFFRACTION99.17
3.48-4.380.19631420.1682699X-RAY DIFFRACTION99.06
4.38-29.710.16821470.14842778X-RAY DIFFRACTION99.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66392697486-0.602528211842-0.7683020290030.558356209989-0.4009228254894.637115802260.2069734397090.589488214656-0.0425622183886-0.766235583716-0.128698137017-0.05484179523580.373797156896-0.153349700419-0.07436520315150.6796946407180.03348970830150.03849244730690.502790770624-0.01346495964460.3043184350586.57776136186-3.325648942529.89908017173
22.487376426131.49383432648-1.722578233071.08341440628-0.3252445502173.993675174910.1000268046390.7744131090230.434975936761-0.837967159632-0.0243499910934-0.250815924732-0.1324564923380.114970226779-0.07829364386840.5770418049870.06151241987080.1724091984540.5401150001070.1092268444070.34202979487414.84039045533.244938488488.68504839342
31.441945285490.676544298388-0.3702300062661.73750214678-0.05806406990332.839211321320.169415063787-0.0849634994103-0.247202767650.2526667560780.0888322673165-0.2146501676940.1343546050850.0269698202444-0.2556273100090.2223551486240.0254736322487-0.02670601734950.170118124651-0.02398866410520.31389787753410.2739888464-5.8883598904543.0096431033
42.784591241311.797220880172.687088705584.217604074592.92972030945.940897188230.109685058717-0.06607912514230.1051510685220.231851290668-0.0137329544477-0.07113326470420.138940624332-0.0179279456278-0.09289413476270.2090454352620.0198480768768-0.007820555032290.2003226171030.005754604733650.3056866834757.84368077487-1.3578817213643.8049912586
55.551281577341.259185581182.581076333012.516917856060.865712620214.69282150580.0218915383438-0.7789643668060.262636998410.850150089671-0.14709657896-0.08477241294420.0385707847304-0.175544242560.1296004858440.3921765850540.00767629688706-0.07062029993910.279427455351-0.04332566367280.2658917814949.40438393626-1.3829118223655.4515098893
62.037821191820.008292941790890.9837014522653.739175148670.9309831510734.968146358740.228670284840.403529547180.159233643168-0.602247858492-0.0758234726629-0.936195087290.3114954124590.253366859681-0.1285501790520.444875402670.08064149098950.2206066745050.407003214670.1094402782490.59028528277330.0710486928-2.9173768278916.7876636843
72.19927770338-0.627487175552-0.850170083190.2334952135090.6979394602134.424091096640.1129269049030.5907724743830.217911137629-0.747113630427-0.201380494519-0.747521192374-0.2464150131180.3713441484520.01032838668340.6155734446880.01997027146170.3041906899840.6116916046180.1149594726680.66402741814532.74418089882.7617726396911.1770510716
81.37202216590.1752911700750.07699367490711.86219291514-0.9185390107862.19492980619-0.09440721073480.297395403288-0.0780133726501-0.306224928948-0.167916273604-0.4266303096760.176835427990.05843619997830.2278959951250.2264017801030.04912512504980.05635781155960.238877572344-0.02083679060490.43664260173522.0590407022-6.4946695970229.1595876211
92.295665293841.76355510878-0.562247940116.41258773881-1.339030892051.00868740323-0.054574202872-0.0529265659170.0960163577565-0.103893741775-0.0687292215336-0.344646500890.05030489479040.1132674124260.1211953801910.1790496361810.0186105195286-0.06088660065030.20557147212-0.02622273722780.32581229273522.3763048327-10.589762322441.1899166143
101.30944888328-0.408082651919-0.8696923898310.3782135753650.3463644921131.35906749683-0.1198884245760.107122931238-0.317772597577-0.248029275296-0.12773455104-0.2367982850410.4853418432850.3989646950980.002830858537251.157499505670.284301949580.4728275278780.8767741051680.08675671931070.58011541277226.1498969998-4.82674018645-1.64711258284
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 83 )BA1 - 831 - 88
22chain 'B' and (resid 84 through 101 )BA84 - 10189 - 106
33chain 'B' and (resid 102 through 128 )BA102 - 128107 - 133
44chain 'B' and (resid 129 through 174 )BA129 - 174134 - 179
55chain 'B' and (resid 175 through 213 )BA175 - 213180 - 218
66chain 'A' and (resid 3 through 44 )AB3 - 441 - 42
77chain 'A' and (resid 45 through 87 )AB45 - 8743 - 89
88chain 'A' and (resid 88 through 145 )AB88 - 14590 - 151
99chain 'A' and (resid 146 through 215 )AB146 - 215152 - 221
1010chain 'P' and (resid 1 through 11 )PC1 - 111 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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