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- PDB-4otx: Structure of the anti-Francisella tularensis O-antigen antibody N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4otx
タイトルStructure of the anti-Francisella tularensis O-antigen antibody N203 Fab fragment
要素
  • N203 heavy chain
  • N203 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / lipopolysaccharide / internal epitope
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / AZIDE ION
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.-Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Roche, M.I. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
引用ジャーナル: Monoclon Antib Immunodiagn Immunother / 年: 2014
タイトル: Functional and Structural Characterization of Francisella tularensis O-Antigen Antibodies at the Low End of Antigen Reactivity.
著者: Lu, Z. / Rynkiewicz, M.J. / Yang, C.Y. / Madico, G. / Perkins, H.M. / Roche, M.I. / Seaton, B.A. / Sharon, J.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: N203 light chain
H: N203 heavy chain
M: N203 light chain
I: N203 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,90123
ポリマ－94,2214
非ポリマー68019
水11,908661
1
L: N203 light chain
H: N203 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3238
ポリマ－47,1102
非ポリマー2136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
M: N203 light chain
I: N203 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,57815
ポリマ－47,1102
非ポリマー46713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.011, 122.322, 124.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 N203 light chain


分子量: 24223.732 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#2: 抗体 N203 heavy chain


分子量: 22886.566 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: Crystals were grown by streak seeding into an overnight equilibrated drop containing 0.5 ul of Fab (38mg/ml) and 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M sodium citrate (pH 4.0), 1 M lithium ...詳細: Crystals were grown by streak seeding into an overnight equilibrated drop containing 0.5 ul of Fab (38mg/ml) and 0.5 ul of reservoir solution [0.1 M sodium citrate (pH 4.0), 1 M lithium chloride, 13-16% PEG 6000], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 58890 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 27.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.455 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.173.60.34956491.341196.3
2.17-2.263.90.358141.359199
2.26-2.363.80.25158371.413199.2
2.36-2.4940.20958611.38199.6
2.49-2.644.20.16158991.389199.8
2.64-2.854.20.11858821.446199.9
2.85-3.134.20.08159341.512199.9
3.13-3.584.20.05659431.566199.7
3.58-4.494.20.04159761.632199.3
4.49-154.10.03560951.463197.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.79 Å15 Å
Translation3.79 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the light chain of PDB code 1MCP and the heavy (H) chain of PDB code 3CLE

1mcp

3cle


解像度: 2.1→14.857 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2283 1928 3.38 %
Rwork0.1928 --
obs0.194 57003 95.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.74 Å2 / Biso mean: 28.0236 Å2 / Biso min: 7.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→14.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 21 661 7134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6749079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9532386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0999-2.15230.26491240.21533409353384
2.1523-2.21030.26171250.21453710383591
2.2103-2.27510.27771390.21793795393493
2.2751-2.34830.27241270.21913803393094
2.3483-2.43190.29121330.22193875400895
2.4319-2.52880.26031340.22723892402696
2.5288-2.64330.27931410.21723962410397
2.6433-2.78180.26911420.22533981412398
2.7818-2.95480.26731420.21974009415198
2.9548-3.18080.27431350.22544086422199
3.1808-3.49720.2481470.19924094424199
3.4972-3.99460.19521450.17044099424499
3.9946-5.00070.15471420.14314149429199
5.0007-14.85750.17721520.16564211436397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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