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- PDB-7rlw: Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRAAGQPAGDRAAGQPA -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rlw | |||||||||||||||
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Title | Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRAAGQPAGDRAAGQPA | |||||||||||||||
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kucharska, I. / Julien, J.P. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats. Authors: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 429.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 296.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rlvC ![]() 7rlxC ![]() 7rlyC ![]() 7rlzC ![]() 7rm0C ![]() 7rm1C ![]() 7rm3C ![]() 1xiwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1667.740 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P08677 #2: Antibody | Mass: 24284.227 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 24046.723 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M CHES pH 9.6 and 20% (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.54→29.21 Å / Num. obs: 28642 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 64.73 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.54→2.65 Å / Redundancy: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3484 / CC1/2: 0.529 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1xiw Resolution: 2.54→29.21 Å / SU ML: 0.4178 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.1808 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.54→29.21 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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