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- PDB-4kuz: Crystal structure of anti-emmprin antibody 4A5 Fab in trigonal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kuz
タイトルCrystal structure of anti-emmprin antibody 4A5 Fab in trigonal form
要素
  • antibody 4A5 heavy chain
  • antibody 4A5 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural evidence for a constrained conformation of short CDR-L3 in antibodies.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: antibody 4A5 light chain
H: antibody 4A5 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0796
ポリマ－48,6952
非ポリマー3844
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.430, 126.430, 97.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 antibody 4A5 light chain


分子量: 24103.822 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab (mouse variable domain, human constant domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 antibody 4A5 heavy chain


分子量: 24591.381 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab (mouse variable domain, human constant domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 2.0 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, cryoprotectant: mother liquor + 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月24日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 24553 / Num. obs: 24553 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.477 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1IL1 AND 1IGJ

1il1

1igj


解像度: 2.7→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.832 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.764 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.96 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 2014 8.2 %
Rwork0.2302 --
obs0.2332 24553 99.38 %
all-23389 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.42 Å20.71 Å20 Å2
2--1.42 Å20 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 20 61 3402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2234641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9371221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7128-2.78060.33281340.27011540X-RAY DIFFRACTION89
2.7806-2.85570.36881410.26421600X-RAY DIFFRACTION92
2.8557-2.93970.3071460.22971593X-RAY DIFFRACTION91
2.9397-3.03450.27731430.23821570X-RAY DIFFRACTION91
3.0345-3.14280.30871400.23411624X-RAY DIFFRACTION92
3.1428-3.26850.28461390.21951577X-RAY DIFFRACTION92
3.2685-3.4170.26851410.22331632X-RAY DIFFRACTION92
3.417-3.59690.23461440.22191588X-RAY DIFFRACTION92
3.5969-3.82170.25751470.21161599X-RAY DIFFRACTION91
3.8217-4.11610.26121430.21481608X-RAY DIFFRACTION92
4.1161-4.52890.24181450.20571619X-RAY DIFFRACTION91
4.5289-5.1810.23811470.2191615X-RAY DIFFRACTION92
5.181-6.51520.24661470.23931656X-RAY DIFFRACTION92
6.5152-28.98610.30161530.2791708X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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