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- PDB-1xiw: Crystal structure of human CD3-e/d dimer in complex with a UCHT1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xiw
タイトルCrystal structure of human CD3-e/d dimer in complex with a UCHT1 single-chain antibody fragment
要素
  • T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
  • T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
  • immunoglobulin heavy chain variable region
  • immunoglobulin light chain variable region
キーワードmembrane protein/Immune System / CD3-epsilon / CD3-delta / UCHT1-scFv / immunoglobulin fold / antibody-antigen complex / membrane protein-Immune System COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection ...gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / T cell receptor binding / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / cerebellum development / negative regulation of smoothened signaling pathway / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Arnett, K.L. / Harrison, S.C. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a human CD3-epsilon/delta dimer in complex with a UCHT1 single-chain antibody fragment.
著者: Arnett, K.L. / Harrison, S.C. / Wiley, D.C.
履歴
登録2004年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The chimera protein consists of immunoglobulin light chain variable region (chains C, G), ...SEQUENCE The chimera protein consists of immunoglobulin light chain variable region (chains C, G), a linker GGGGSGGGGSGGGGS, and immunoglobulin heavy chain variable region (chains D, H). However, the linker GGGGSGGGGSGGGGS are not modeled due to disorder. The conflicts are due to immunoglobulin domain variable region (v)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
B: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
C: immunoglobulin light chain variable region
D: immunoglobulin heavy chain variable region
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
F: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
G: immunoglobulin light chain variable region
H: immunoglobulin heavy chain variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2888
ポリマ－93,2888
非ポリマー00
水5,747319
1
A: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
B: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
C: immunoglobulin light chain variable region
D: immunoglobulin heavy chain variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6444
ポリマ－46,6444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
F: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
G: immunoglobulin light chain variable region
H: immunoglobulin heavy chain variable region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6444
ポリマ－46,6444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.874, 79.326, 150.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 11893.056 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3E, T3E / プラスミド: pLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07766
#2: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell receptor T3 delta chain


分子量: 9106.425 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3D, T3D / プラスミド: pLM1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04234
#3: 抗体 immunoglobulin light chain variable region


分子量: 11994.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: UCHT1 / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: PIR: PH0888
#4: 抗体 immunoglobulin heavy chain variable region


分子量: 13650.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: UCHT1 / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: PIR: PH0887
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月6日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 62308 / Num. obs: 60988 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 6134 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 6FAB

6fab


解像度: 1.9→49.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2409958.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3068 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.214 60759 --
obs0.204 60759 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2681 Å2 / ksol: 0.361556 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20 Å2
2---4.74 Å20 Å2
3---5.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-50 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6044 0 0 319 6363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.642.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 508 5 %
Rwork0.206 9690 -
obs-9690 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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