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- PDB-7rlx: Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRAAGQPA -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rlx | |||||||||||||||
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Title | Antibody 2F2 in complex with P. vivax CSP peptide GDRADGQPAGDRAAGQPA | |||||||||||||||
![]() |
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![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibody / malaria / Plasmodium vivax / circumsporozoite protein | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kucharska, I. / Julien, J.P. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of Plasmodium vivax inhibition by antibodies binding to the circumsporozoite protein repeats. Authors: Kucharska, I. / Hossain, L. / Ivanochko, D. / Yang, Q. / Rubinstein, J.L. / Pomes, R. / Julien, J.P. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 151 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 444.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rlvC ![]() 7rlwC ![]() 7rlyC ![]() 7rlzC ![]() 7rm0C ![]() 7rm1C ![]() 7rm3C ![]() 1xiwS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 24284.227 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 24046.723 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 1711.750 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: P08677 |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M potassium acetate and 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033167 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.97→29.71 Å / Num. obs: 31038 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1962 / CC1/2: 0.603 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1xiw Resolution: 1.97→29.71 Å / SU ML: 0.256 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.1884 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→29.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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