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- PDB-7lfc: Structure of importin a3 bound to p50 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lfc
タイトルStructure of importin a3 bound to p50 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-3
  • Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR IMPORT (核局在化シグナル) / IMPORTIN ALPHA 3 / NLS / NF-kB (NF-κB) / p50 / p65
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex ...negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / dopamine secretion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of lipid storage / Regulated proteolysis of p75NTR / negative regulation of interleukin-12 production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / CLEC7A/inflammasome pathway / NLS-dependent protein nuclear import complex / cellular response to dsRNA / Interleukin-1 processing / cellular response to interleukin-6 / actinin binding / cellular response to angiotensin / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of protein metabolic process / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of miRNA metabolic process / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to interleukin-1 / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / 核膜孔 / JNK cascade / response to muscle stretch / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / response to cytokine / transcription coregulator activity / Activation of NF-kappaB in B cells / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / B cell receptor signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / ISG15 antiviral mechanism / PKMTs methylate histone lysines / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / FCERI mediated NF-kB activation / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Interleukin-1 signaling / HCMV Early Events / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to nicotine / protein import into nucleus / specific granule lumen / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Downstream TCR signaling / 遺伝子発現 / cellular response to tumor necrosis factor / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / secretory granule lumen / 核膜 / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / apoptotic process / chromatin binding / クロマチン / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-3 / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122844 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD023479 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Differential recognition of canonical NF-kappa B dimers by Importin alpha 3.
著者: Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Yeggoni, D.P. / Sankhala, R.S. / Ott, C.A. / Gillilan, R.E. / Cingolani, G.
履歴
登録2021年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-3
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7322
ポリマ－59,7322
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.650, 59.070, 86.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-3 / / Importin alpha Q1 / Qip1 / Karyopherin subunit alpha-4


分子量: 57941.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA4, QIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00629
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP-1 / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1


分子量: 1790.114 Da / 分子数: 1
Fragment: Nuclear localization signal motif, residues 355-368
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19838
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 27642 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2009 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.412 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5tbk

5tbk


解像度: 2.1→14.93 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2203 1381 5.02 %
Rwork0.1871 26155 -
obs0.1887 27536 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.68 Å2 / Biso mean: 63.3367 Å2 / Biso min: 28.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 0 105 3371
Biso mean---53.74 -
残基数----426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.170.31221270.26572376250390
2.17-2.260.27471350.241526162751100
2.26-2.360.28661380.213126432781100
2.36-2.490.24421390.204326082747100
2.49-2.640.20941450.204126432788100
2.64-2.850.24591530.206325982751100
2.85-3.130.24621350.20522647278299
3.13-3.580.26531320.19926482780100
3.58-4.490.17381460.161226692815100
4.49-14.930.19871310.16722707283899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40341.6029-0.55197.47211.94643.8758-0.0410.2139-0.0129-0.04730.0943-0.2788-0.43280.0672-0.0540.2445-0.0020.0040.3066-0.01650.290832.21190.379933.3555
24.19-0.06950.47512.69590.44313.55530.19241.1808-0.6268-0.5755-0.16380.04010.3687-0.3427-0.09870.447-0.02410.05320.6445-0.20920.4470.6041-22.362314.172
38.81233.36685.67971.42382.03714.26170.0516-0.31190.22980.0598-0.56541.71530.2647-1.3390.46290.73970.11470.06690.68480.03380.811619.9211.837529.0474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 72 through 236 )A72 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 237 through 485 )A237 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 432 through 443 )B432 - 443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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