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万見
- PDB-7leq: Structure of importin a2 bound to p50 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7leq
タイトルStructure of importin a2 bound to p50 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR IMPORT / IMPORTIN ALPHA / NLS / NF-kB / p50
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / I-kappaB/NF-kappaB complex / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID ...: / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / I-kappaB/NF-kappaB complex / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / mammary gland involution / antibacterial innate immune response / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / NLS-dependent protein nuclear import complex / CLEC7A/inflammasome pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / postsynapse to nucleus signaling pathway / Interleukin-1 processing / cellular response to interleukin-6 / cellular response to dsRNA / actinin binding / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / signal transduction involved in regulation of gene expression / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / Regulation of NFE2L2 gene expression / nuclear import signal receptor activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Transcriptional Regulation by VENTX / cellular response to interleukin-1 / cellular response to angiotensin / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / JNK cascade / response to muscle stretch / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / CD209 (DC-SIGN) signaling / NF-kB is activated and signals survival / protein sequestering activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / cellular response to virus / PKMTs methylate histone lysines / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / FCERI mediated NF-kB activation / specific granule lumen / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / HCMV Early Events / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / host cell / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / secretory granule lumen / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / postsynaptic density / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / chromatin binding / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122844 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD023479 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Differential recognition of canonical NF-kappa B dimers by Importin alpha 3.
著者: Florio, T.J. / Lokareddy, R.K. / Yeggoni, D.P. / Sankhala, R.S. / Ott, C.A. / Gillilan, R.E. / Cingolani, G.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Importin subunit alpha-1
B: Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1762
ポリマ－48,1762
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)78.187, 90.730, 97.465
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46386.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP-1 / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1


分子量: 1790.114 Da / 分子数: 1
Fragment: Nuclear localization signal motif, residues 355-368
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19838
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.6M sodium citrate, 100 Hepes pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→15 Å / Num. obs: 27626 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.24→2.33 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2882 / Rsym value: 0.852 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y2A

1y2a


解像度: 2.24→14.89 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 1372 4.98 %
Rwork0.189 26192 -
obs0.191 27564 81.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.16 Å2 / Biso mean: 52.53 Å2 / Biso min: 22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→14.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3276 0 0 146 3422
Biso mean---52.45 -
残基数----430
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.24-2.320.25811340.25492729286387
2.32-2.420.27091410.23912747288887
2.42-2.530.27371370.22872659279684
2.53-2.660.27151430.2252629277283
2.66-2.820.25371470.20682712285986
2.82-3.040.22751380.21062682282084
3.04-3.340.23451360.21272601273781
3.34-3.820.23461360.1842628276482
3.82-4.790.2011300.15212428255874
4.79-14.890.15891300.15942377250771
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3422-0.32810.17243.1179-0.82494.78230.1807-0.06560.24950.23570.1297-0.1004-0.4466-0.1201-0.20780.3766-0.05480.02690.37210.00760.2949-4.392660.0831-17.1809
21.96610.4769-0.35645.2589-0.84881.83470.0114-0.00980.15450.16440.0750.0687-0.17780.0316-0.0990.2368-0.00110.01560.26950.01080.2307-7.021544.4504-14.3207
32.0279-0.6267-0.5192.87410.26781.56810.04750.0132-0.1724-0.0786-0.0035-0.06290.1180.0157-0.01310.29270.0051-0.00450.23280.01440.3047-1.942828.5698-16.9127
41.3799-1.33440.3024.0071-0.71052.89330.17820.0242-0.1978-0.1456-0.10140.25090.21630.0845-0.06530.27640.009-0.01630.26740.01660.29282.672818.4472-9.3722
53.0948-0.39811.27532.8442-0.82662.89750.0122-0.5134-0.16970.12990.05710.27230.0209-0.4475-0.0610.26680.02290.02450.35150.07860.35678.86877.813512.226
63.05590.32710.34465.15310.13860.7640.1613-1.1792-0.10931.7049-0.14220.3728-0.1665-0.8185-0.03071.0256-0.01450.10991.33760.18860.55585.26053.578632.4928
78.8652-0.9966-0.3195.10731.12435.2015-0.49890.19260.33680.26320.5732-0.41430.21850.1418-0.07130.4306-0.1121-0.03980.5188-0.01370.25122.509441.9708-8.7209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'E' AND (RESID 75 THROUGH 104 )E0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'E' AND (RESID 105 THROUGH 202 )E0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'E' AND (RESID 203 THROUGH 245 )E0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'E' AND (RESID 246 THROUGH 322 )E0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'E' AND (RESID 323 THROUGH 452 )E0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'E' AND (RESID 453 THROUGH 497 )E0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 436 THROUGH 442 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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