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- PDB-3ukx: Mouse importin alpha: Bimax2 peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ukx
タイトルMouse importin alpha: Bimax2 peptide complex
要素
  • Bimax2 peptide
  • Importin subunit alpha-2
キーワードPROTEIN TRANSPORT/INHIBITOR / Arm repeat / Armadillo repeat / Nuclear transport / nuclear localisation signal binding / importin beta binding / PROTEIN TRANSPORT-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / host cell / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / glutamatergic synapse / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats ...Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Marfori, M. / Forwood, J.K. / Lonhienne, T.G. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of High-Affinity Nuclear Localization Signal Interactions with Importin-alpha
著者: Marfori, M. / Lonhienne, T.G. / Forwood, J.K. / Kobe, B.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Importin subunit alpha-2
C: Bimax2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9902
ポリマ－58,9902
非ポリマー00
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.187, 90.187, 100.221
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Bimax2 peptide


分子量: 3721.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Designed peptide inhibitor
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.75M sodium citrate, 10mM DTT, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→43.811 Å / Num. obs: 37159 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PJN

1pjn


解像度: 2.2→43.803 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 1800 4.99 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1789 36048 97.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.845 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.4 Å2 / Biso mean: 33.1448 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8293 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5517 Å2-0 Å2
3---4.381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 0 316 3778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8614804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059569
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3941317
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.25950.31451410.25922431257292
2.2595-2.3260.29141330.23832432256592
2.326-2.4010.23841250.20852558268395
2.401-2.48690.25641260.19932562268896
2.4869-2.58640.22821250.1892600272597
2.5864-2.70410.21551310.18582624275597
2.7041-2.84670.22151520.17432638279099
2.8467-3.0250.20691320.17932673280599
3.025-3.25850.21381470.17782670281799
3.2585-3.58620.20671520.177526922844100
3.5862-4.10480.181480.15512722287099
4.1048-5.17030.15121440.139227422886100
5.1703-43.81180.17011440.178829043048100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4369-0.0510.35240.24870.04570.40.09320.1274-0.17930.227-0.1475-0.00670.17670.0594-0.04330.2673-0.0518-0.08430.1671-0.01310.1655.6797-16.0007-18.9685
20.389-0.16910.09880.43480.2020.17450.09380.003-0.05440.0095-0.0167-0.02140.1014-0.01820.25130.13960.0038-0.03340.0914-0.00410.07876.91261.8413-15.7083
30.635-0.2493-0.11850.567-0.17310.15430.0025-0.03510.2461-0.1792-0.04680.10050.0620.00640.03960.14630.0109-0.03180.12240.00450.15531.477118.1138-15.1682
40.2365-0.1539-0.24850.21720.11910.26310.1328-0.0170.3122-0.11380.0279-0.1334-0.13780.02210.13530.10470.00840.04820.0858-0.01950.1965-2.988829.0447-8.1236
50.4087-0.1355-0.16320.22890.19340.55170.0571-0.30820.25430.02830.1454-0.2342-0.02620.20790.20190.0934-0.0179-0.00040.1756-0.11020.1838-9.714635.958214.2471
60.6635-0.0682-0.13680.7904-0.01670.03160.0417-0.86720.18360.73080.2781-0.41260.20420.60770.0140.59050.0273-0.13460.9115-0.30830.4189-5.925940.465432.8185
70.0733-0.075-0.16730.08890.3112.1431-0.0482-0.07940.13930.16030.0509-0.10860.4159-0.0345-0.19280.2511-0.0024-0.01680.2882-0.20260.48853.291531.99988.9748
85.10890.05950.81872.43880.32670.17640.1641-0.01740.0627-0.0282-0.1499-0.0440.0263-0.1181-0.00891.1710.31550.02410.9882-0.00480.8178-1.741516.27684.1067
90.3693-0.4128-0.13190.47080.07990.57510.1535-0.00590.09310.1274-0.11490.30740.0549-0.2477-0.03230.137-0.02070.0370.2204-0.01080.2405-2.49494.935-8.8004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain B and resid 72:94)B72 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 95:213)B95 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 214:248)B214 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 249:335)B249 - 335
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 336:449)B336 - 449
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 450:497)B450 - 497
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 4:12)C4 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 13:17)C13 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 18:26)C18 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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