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- PDB-7jjm: Crystal structure of Importin alpha 2 in complex with LSD1 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jjm
タイトルCrystal structure of Importin alpha 2 in complex with LSD1 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Importin Demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Sensing of DNA Double Strand Breaks / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / telomeric repeat-containing RNA binding ...guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Sensing of DNA Double Strand Breaks / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear import signal receptor activity / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / negative regulation of protein binding / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / host cell / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / postsynaptic density / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / glutamatergic synapse / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain ...Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / : / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific histone demethylase 1A / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Tu, W.J. / McGuaig, R. / Tan, H.Y.A. / Hardy, C. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J.K. ...Tu, W.J. / McGuaig, R. / Tan, H.Y.A. / Hardy, C. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J.K. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K.M. / Yip, D. / Malik, L. / Prasana, T. / Milburn, P. / Rao, S.
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: Targeting Nuclear LSD1 to Reprogram Cancer Cells and Reinvigorate Exhausted T Cells via a Novel LSD1-EOMES Switch.
著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / ...著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / Prasanna, T. / Milburn, P. / Rao, S.
#1: ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020
タイトル: Targeting Nuclear LSD1 to Reprogram Cancer Cells and Reinvigorate Exhausted T Cells via a Novel LSD1-EOMES Switch.
著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / ...著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / Prasanna, T. / Milburn, P. / Rao, S.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: Importin subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1513
ポリマ－54,1152
非ポリマー351
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.610, 90.050, 99.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / ...BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2 / [histone H3]-dimethyl-L-lysine(4) FAD-dependent demethylase 1A


分子量: 3144.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase
#2: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 50970.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9357 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9357 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→41.04 Å / Num. obs: 43845 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 36.59 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.06→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.759 / Num. unique obs: 2917 / CC1/2: 0.675

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BVT

6bvt


解像度: 2.06→41.038 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 2183 4.99 %
Rwork0.2199 41608 -
obs0.2218 43791 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.35 Å2 / Biso mean: 50.7747 Å2 / Biso min: 20.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→41.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 1 103 3370
Biso mean--60.91 42.73 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5024586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037554
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6462066
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.06-2.10480.35761300.3061229389
2.1048-2.15380.32521620.27682570100
2.1538-2.20760.28711310.25962609100
2.2076-2.26730.26331460.2395257599
2.2673-2.3340.25591470.2322582100
2.334-2.40930.23961350.23742607100
2.4093-2.49540.27191440.2342625100
2.4954-2.59530.29141300.23542615100
2.5953-2.71340.28361330.2478261099
2.7134-2.85650.23691230.22842629100
2.8565-3.03540.25831390.2452638100
3.0354-3.26970.28731240.2462656100
3.2697-3.59850.30111400.2334262699
3.5985-4.11880.23841440.2008264799
4.1188-5.18760.23981440.1818265799
5.1876-41.0380.21151110.1894266994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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