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万見
- PDB-1ee4: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST KARYOPHERIN (IMPORTIN) ALPHA IN A COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ee4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF YEAST KARYOPHERIN (IMPORTIN) ALPHA IN A COMPLEX WITH A C-MYC NLS PEPTIDE
要素
  • KARYOPHERIN ALPHA
  • MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ARM repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / proteasome localization / Myc-Max complex / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process ...positive regulation of metanephric cap mesenchymal cell proliferation / positive regulation of acinar cell proliferation / acinar cell proliferation / negative regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / SCF ubiquitin ligase complex binding / NK T cell proliferation / proteasome localization / Myc-Max complex / regulation of somatic stem cell population maintenance / regulation of cell cycle process / RNA polymerase II transcription repressor complex / cellular response to interferon-alpha / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / positive regulation of B cell apoptotic process / RUNX3 regulates WNT signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / myotube differentiation / negative regulation of cell division / import into nucleus / negative regulation of monocyte differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / response to growth factor / response to alkaloid / B cell apoptotic process / NLS-dependent protein nuclear import complex / transcription regulator activator activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / fibroblast apoptotic process / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Regulation of NFE2L2 gene expression / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / protein targeting to membrane / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear import signal receptor activity / regulation of telomere maintenance / skeletal system morphogenesis / nuclear localization sequence binding / Signaling by ALK / branching involved in ureteric bud morphogenesis / middle ear morphogenesis / rRNA metabolic process / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / pigmentation / E-box binding / positive regulation of telomere maintenance / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / chromosome organization / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / core promoter sequence-specific DNA binding / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of fibroblast proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of epithelial cell proliferation / transcription coregulator binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / G1/S transition of mitotic cell cycle / euchromatin / protein processing / MAPK6/MAPK4 signaling / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / cellular response to xenobiotic stimulus / spindle / positive regulation of fibroblast proliferation / Wnt signaling pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein import into nucleus / disordered domain specific binding / cellular response to UV / nuclear envelope / MAPK cascade / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / intracellular iron ion homeostasis / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / Ub-specific processing proteases / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / response to xenobiotic stimulus / axon / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain ...Leucine zipper, Myc / Myc leucine zipper domain / Transcription regulator Myc / Transcription regulator Myc, N-terminal / : / Myc amino-terminal region / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc proto-oncogene protein / Importin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Conti, E.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Crystallographic analysis of the specific yet versatile recognition of distinct nuclear localization signals by karyopherin alpha.
著者: Conti, E. / Kuriyan, J.
履歴
登録2000年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KARYOPHERIN ALPHA
C: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
D: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
B: KARYOPHERIN ALPHA
E: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
F: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7426
ポリマ－97,7426
非ポリマー00
水5,405300
1
A: KARYOPHERIN ALPHA
C: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
D: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8713
ポリマ－48,8713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: KARYOPHERIN ALPHA
E: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN
F: MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8713
ポリマ－48,8713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.680, 85.850, 117.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 KARYOPHERIN ALPHA / SERINE-RICH RNA POLYMERASE I SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 46870.527 Da / 分子数: 2 / 断片: ARMADILLO DOMAIN / 変異: Y397D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q02821
#2: タンパク質・ペプチド
MYC PROTO-ONCOGENE PROTEIN


分子量: 1000.215 Da / 分子数: 4
断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) AT THE LARGER (FUNCTIONAL) BINDING SITE
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01106
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300
断片: NLS (NUCLEAR LOCALIZATION SIGNAL) AT THE SMALLER BINDING SITE
由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1reservoir
3200 mMsodium acetate1reservoir
430 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 47949 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.1→30 Å
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 47949 / Num. measured all: 152954
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 6.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber /
RfactorSelection details
Rfree0.277 random 5%
Rwork0.246 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6691 0 0 300 6991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.74
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.246
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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