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万見
- PDB-7eh8: Cryo-EM structure of the hexameric state of C-phycocyanin from Th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eh8
タイトルCryo-EM structure of the hexameric state of C-phycocyanin from Thermoleptolyngbya sp. O-77
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPHOTOSYNTHESIS / homo hexamer / light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha chain / C-phycocyanin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Minato, T. / Teramoto, T. / Adachi, N. / Hung, N.K. / Yamada, K. / Kawasaki, M. / Akutsu, M. / Moriya, T. / Senda, T. / Ogo, S. ...Minato, T. / Teramoto, T. / Adachi, N. / Hung, N.K. / Yamada, K. / Kawasaki, M. / Akutsu, M. / Moriya, T. / Senda, T. / Ogo, S. / Kakuta, Y. / Yoon, K.S.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR18R2 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02091 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18J00191 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Non-conventional octameric structure of C-phycocyanin.
著者: Takuo Minato / Takamasa Teramoto / Naruhiko Adachi / Nguyen Khac Hung / Kaho Yamada / Masato Kawasaki / Masato Akutsu / Toshio Moriya / Toshiya Senda / Seiji Ogo / Yoshimitsu Kakuta / Ki-Seok Yoon /
要旨: C-phycocyanin (CPC), a blue pigment protein, is an indispensable component of giant phycobilisomes, which are light-harvesting antenna complexes in cyanobacteria that transfer energy efficiently to ...C-phycocyanin (CPC), a blue pigment protein, is an indispensable component of giant phycobilisomes, which are light-harvesting antenna complexes in cyanobacteria that transfer energy efficiently to photosystems I and II. X-ray crystallographic and electron microscopy (EM) analyses have revealed the structure of CPC to be a closed toroidal hexamer by assembling two trimers. In this study, the structural characterization of non-conventional octameric CPC is reported for the first time. Analyses of the crystal and cryogenic EM structures of the native CPC from filamentous thermophilic cyanobacterium Thermoleptolyngbya sp. O-77 unexpectedly illustrated the coexistence of conventional hexamer and novel octamer. In addition, an unusual dimeric state, observed via analytical ultracentrifugation, was postulated to be a key intermediate structure in the assemble of the previously unobserved octamer. These observations provide new insights into the assembly processes of CPCs and the mechanism of energy transfer in the light-harvesting complexes.
履歴
登録2021年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31090
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31090
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
C: C-phycocyanin alpha chain
D: C-phycocyanin beta chain
E: C-phycocyanin alpha chain
F: C-phycocyanin beta chain
G: C-phycocyanin alpha chain
H: C-phycocyanin beta chain
I: C-phycocyanin alpha chain
J: C-phycocyanin beta chain
K: C-phycocyanin alpha chain
L: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,54430
ポリマ－213,94812
非ポリマー10,59618
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17560.531 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X8WU90
#2: タンパク質
C-phycocyanin beta chain


分子量: 18097.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MEN: N-METHYL ASPARAGINE / 由来: (天然) Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X8WUE0
#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C-phycocyanin hexamer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.22 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Leptolyngbya sp. O-77 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 6.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse.
試料支持詳細: The grid was washed by acetone prior to use. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: Blotting time was 5 seconds (blot force 15)

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 49.2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2036

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 283980
対称性点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28120 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7EFW

7efw

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316026
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0421796
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.5652456
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0372402
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032833

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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