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- PDB-6w2z: Crystal Structure of the Beta Lactamase Class A PenP from Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w2z
タイトルCrystal Structure of the Beta Lactamase Class A PenP from Bacillus subtilis in the Complex with the Non-beta- lactam Beta-lactamase Inhibitor Avibactam
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta lactamase class A / Inhibitor / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2020年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年6月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8456
ポリマ－60,2022
非ポリマー6434
水6,341352
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4143
ポリマ－30,1011
非ポリマー3132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4303
ポリマ－30,1011
非ポリマー3292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.681, 85.456, 70.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.969, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Penicillinase


分子量: 30101.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: penP, BSU18800 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: P39824, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 50 mM Bicine pH 8.8, 2.9 %(v/v), 25.7 %(w/v) PEG2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 71543 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 3249 / CC1/2: 0.528 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 6NI1

6ni1


解像度: 1.5→27.1 Å / SU ML: 0.1782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.3077
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1985 3521 4.93 %
Rwork0.1608 --
obs0.1627 71351 94.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 24 352 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86375643
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.19781557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.28031180.24192116X-RAY DIFFRACTION75.24
1.52-1.540.29171220.23382663X-RAY DIFFRACTION92.52
1.54-1.560.23381290.2162730X-RAY DIFFRACTION95.52
1.56-1.590.26061530.21212698X-RAY DIFFRACTION94.69
1.59-1.610.27891450.19742725X-RAY DIFFRACTION96.21
1.61-1.640.24351310.17742780X-RAY DIFFRACTION96.23
1.64-1.670.23931440.17822721X-RAY DIFFRACTION95.76
1.67-1.70.25221400.1762753X-RAY DIFFRACTION96.43
1.7-1.740.25511440.17932725X-RAY DIFFRACTION95.6
1.74-1.770.24741410.18152744X-RAY DIFFRACTION96.1
1.77-1.810.2391360.17392766X-RAY DIFFRACTION95.4
1.81-1.860.23051250.16982748X-RAY DIFFRACTION96.25
1.86-1.910.221360.16162741X-RAY DIFFRACTION95.52
1.91-1.970.24541490.17032719X-RAY DIFFRACTION95.57
1.97-2.030.2041370.16592725X-RAY DIFFRACTION95.43
2.03-2.10.22851280.16082740X-RAY DIFFRACTION94.37
2.1-2.190.20971620.15472676X-RAY DIFFRACTION94.54
2.19-2.290.2131380.15672676X-RAY DIFFRACTION93.55
2.29-2.410.211480.15662661X-RAY DIFFRACTION92.92
2.41-2.560.20521570.15182628X-RAY DIFFRACTION92.99
2.56-2.750.19161520.16152727X-RAY DIFFRACTION94.89
2.75-3.030.19881440.17292800X-RAY DIFFRACTION96.87
3.03-3.470.18711390.16472847X-RAY DIFFRACTION99.1
3.47-4.370.16951560.13742871X-RAY DIFFRACTION98.99
4.37-27.10.15321470.14862850X-RAY DIFFRACTION97.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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