PDB-3kvz: Structural basis of the activity and substrate specificity of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kvz

タイトル

Structural basis of the activity and substrate specificity of the fluoroacetyl-CoA thiesterase FlK - wild type FlK in complex with FAcCPan

要素

Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

キーワード

HYDROLASE / fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / thioesterase / hot-dog folding

機能・相同性

機能・相同性情報

fluoroacetyl-CoA thioesterase / acyl-CoA hydrolase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Dias, M.V.B. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Valentine, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the activity and substrate specificity of fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK.
著者: Dias, M.V. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Dry, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kvz.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kvz.ent.gz	177.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kvz_validation.pdf.gz	940.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kvz_full_validation.pdf.gz	970.3 KB	表示
XML形式データ	3kvz_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	3kvz_validation.cif.gz	68.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kuvC 3kuwC 3kv7C 3kv8C 3kviC 3kvuC 3kw1C 3kx7C 3kx8C 1hnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kx8-1 3kw1-2 3kx8-4 3kuw-d 3kw1-3 3p3f-3 3kx8-3 1bsx-1 3p3i-1 3p2r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

B: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

C: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

D: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

E: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

F: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

G: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

H: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

ヘテロ分子

123 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

B: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

D: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

F: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

H: Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.500, 70.890, 102.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK 分子量: 15279.436 Da / 分子数: 8 / 断片: Flk / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア) 遺伝子: flK, fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EMV2, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ENV / (2R)-N-{3-[(5-fluoro-4-oxopentyl)amino]-3-oxopropyl}-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanamide / Fluoroacetyl carba(dethia)-pantetheine 分子量: 320.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅FN₂O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: CHES tri-sodium citrate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→33.98 Å / Num. all: 65288 / Num. obs: 62854 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn

解像度: 2.1→33.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28164	3193	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20386	-	-	-
obs	0.20779	59640	96.28 %	-
all	-	65288	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.692 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8120	0	22	571	8713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	1.947	11445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.737	5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.596	22.105	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.473	15	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.217	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.021	1.5	5313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.758	2	8597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.837	3	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.389	4.5	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	207	-
R_work	0.262	3947	-
obs	-	-	86.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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