+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vl8 | ||||||||||||||||||
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Title | Anti-PEG antibody 6-3 Fab fragment in complex with PEG | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / fab / PEG / anti-PEG / polymer / anti-drug | ||||||||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.42 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Nicely, N.I. / Huckaby, J.T. / Lai, S.K. / Jacobs, T.M. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Commun Chem / Year: 2020 Title: Structure of an anti-PEG antibody reveals an open ring that captures highly flexible PEG polymers Authors: Huckaby, J.T. / Jacobs, T.M. / Li, Z. / Perna, R.J. / Wang, A. / Nicely, N.I. / Lai, S.K. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vl8.cif.gz | 808.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vl8.ent.gz | 556.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vl8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vl8_validation.pdf.gz | 312.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vl8_full_validation.pdf.gz | 319.5 KB | Display | |
Data in XML | 6vl8_validation.xml.gz | 3.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6vl8_validation.cif.gz | 22.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/6vl8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vl9C 3o2vS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24736.875 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): HEK293 #2: Antibody | Mass: 24066.783 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): HEK293 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 25% PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 6, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.42→41.93 Å / Num. obs: 78203 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 17.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.42→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3823 / CC1/2: 0.92 / CC star: 0.98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3o2v Resolution: 2.42→41.92 Å / SU ML: 0.2965 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.2328 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.42→41.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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