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- PDB-6vl8: Anti-PEG antibody 6-3 Fab fragment in complex with PEG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vl8
タイトルAnti-PEG antibody 6-3 Fab fragment in complex with PEG
要素
  • 6-3 Fab heavy chain
  • 6-3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / fab / PEG / anti-PEG / polymer / anti-drug
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Huckaby, J.T. / Lai, S.K. / Jacobs, T.M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)F32DE026683 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1810168 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650116 米国
David and Lucile Packard Foundation2013-39274 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL141934 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: Structure of an anti-PEG antibody reveals an open ring that captures highly flexible PEG polymers
著者: Huckaby, J.T. / Jacobs, T.M. / Li, Z. / Perna, R.J. / Wang, A. / Nicely, N.I. / Lai, S.K.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-3 Fab heavy chain
B: 6-3 Fab light chain
C: 6-3 Fab heavy chain
D: 6-3 Fab light chain
E: 6-3 Fab heavy chain
F: 6-3 Fab light chain
H: 6-3 Fab heavy chain
L: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,84413
ポリマ－195,2158
非ポリマー2,6295
水9,566531
1
A: 6-3 Fab heavy chain
B: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8663
ポリマ－48,8042
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
2
C: 6-3 Fab heavy chain
D: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0874
ポリマ－48,8042
非ポリマー1,2842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
3
E: 6-3 Fab heavy chain
F: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0253
ポリマ－48,8042
非ポリマー1,2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
4
H: 6-3 Fab heavy chain
L: 6-3 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8663
ポリマ－48,8042
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.108, 87.791, 116.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.655, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体
6-3 Fab heavy chain


分子量: 24736.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293
#2: 抗体
6-3 Fab light chain


分子量: 24066.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000


分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H112O28 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM MMT buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→41.93 Å / Num. obs: 78203 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3823 / CC1/2: 0.92 / CC star: 0.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3o2v

3o2v


解像度: 2.42→41.92 Å / SU ML: 0.2965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.2328
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2403 2000 2.57 %
Rwork0.1845 75943 -
obs0.1859 77943 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13094 0 158 531 13783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008713573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.941518405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05282040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.28851909
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-2.480.31311350.26035152X-RAY DIFFRACTION95.43
2.48-2.550.30641460.24365418X-RAY DIFFRACTION99.64
2.55-2.630.31281400.22675427X-RAY DIFFRACTION99.86
2.63-2.710.30711450.21885405X-RAY DIFFRACTION99.77
2.71-2.810.29511390.21375462X-RAY DIFFRACTION99.79
2.81-2.920.31911530.21925440X-RAY DIFFRACTION99.88
2.92-3.050.28931360.21455425X-RAY DIFFRACTION99.77
3.05-3.210.28541380.21285423X-RAY DIFFRACTION99.45
3.21-3.420.25461500.19855459X-RAY DIFFRACTION99.89
3.42-3.680.23661410.18335432X-RAY DIFFRACTION99.75
3.68-4.050.21541410.17265487X-RAY DIFFRACTION99.8
4.05-4.630.17341440.14335462X-RAY DIFFRACTION99.4
4.63-5.830.18981470.14285489X-RAY DIFFRACTION99.54
5.84-41.920.20791450.16355462X-RAY DIFFRACTION97.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27074866536-0.32580455350.1240683858120.500683402319-0.8251268600042.870418446870.0503911885047-0.1968327628440.1297441916610.05635260190750.0422977456371-0.121335955143-0.1558064808680.727739249328-0.07126402947210.323024590047-0.0618787015988-0.02908772416930.540450997854-0.1075654886480.33860424940648.608285552626.837002184513.1284066977
27.481884831771.369919858424.396010206553.68584547041.628052484374.77374131661-0.1427768686-0.00638324419470.0959507805071-0.100744519792-0.05558665801190.00149540905646-0.30147053179-0.08208591659410.2097746357170.318275697081-0.03671154891760.02353169817440.3015906134180.02201259177470.24769416237235.866641937231.2235283397-15.8135951702
31.86017189386-0.196596624971.998430137221.49527258907-0.4365068310595.949594312410.0360534893640.131431748255-0.0809043583104-0.04896803459360.00336346836524-0.1063579884090.4053977230710.573897299922-0.0561966311850.3214711594530.0802574371775-0.05721283457650.356001792388-0.0576898025230.30039138297539.34967575165.7162774692711.0609622128
44.426000189672.48216615051-2.273916148434.05606514338-3.056153035734.28390740115-0.07393663122610.4572200532760.026546490469-0.3885046147370.0662034681087-0.2019279250220.2098271417360.112902014107-0.00284749286950.332723900810.01856184883610.01443616144250.431231566587-0.05274408474320.27408507774142.121250924519.5855849281-25.3163926407
53.31272777576-0.773394304276-2.132754649452.411392115420.9033333908616.866488998830.01583325283470.0817023077344-0.09888049175030.0607227574305-0.09126295829-0.2204148149290.561632322603-0.1817388390220.06651646072660.320742453663-0.0144412777353-0.04827368693710.293011705671-0.0111751647450.2640011711820.97945633214.82479240836-45.3895554097
64.568556530570.295636203744-0.7697905848227.04025361674-2.410454642976.11369453937-0.0983951612760.07448303562990.3118962326190.03152978082490.07876290277320.122359877243-0.3163281033610.3359102107060.01186941912580.21567590118-0.02655789172440.03483980282430.29553179726-0.04206899907070.2375256672428.992162365216.4690970215-77.0023945163
72.12719298762-1.288704198780.6638078867191.73067918626-0.2555485364195.425324630910.1796767511130.4171017178970.12563837846-0.178170698378-0.203999037972-0.0630222849234-0.0941871984696-0.3173224837060.002446055800130.263912037085-0.0003696424400440.00175945329590.5296246020030.005269957178930.2896708018782.228003333117.4801145194-49.9759704667
85.64390537851-1.45789680249-0.2789024333734.03202063781.394336136766.942132485040.1918850592930.410231714734-0.0203922100362-0.1561005415450.1110442594020.0494096257301-0.00300812607165-0.190552865136-0.2814173755270.29769449152-0.01951919872940.01486893525430.2413690009760.04533255541930.28440195528216.04291623411.9976039031-86.0003784979
91.716608149150.831068899285-1.343610977522.3332164566-1.446381011876.708029582760.09795830617980.06843534164810.0433370568531-0.0510374599442-0.0705882849460.2729040477110.434627325399-0.0226337301355-0.02671861610730.2792526410370.0481212580672-0.07798255140080.420576565788-0.03646259703750.32971728888727.82145255114.7574439300744.2534768877
108.709583271642.04817090461-0.6993262749696.18308857369-0.3603519930932.72416930083-0.1542014938750.08818939912690.0449821862774-0.0312973347019-0.06400737295390.08863703610230.0469134764431-0.4559419640840.2140046550570.318605758944-0.0002108701757590.07256360372130.468283574869-0.01984786137420.32280527819520.081381120817.147553997176.0501555853
111.541376627211.013058528160.6872528948762.04212850610.8316158576776.043442326480.1641928548290.02138231049160.04241999895940.0614255564465-0.0865723847360.0550920119629-0.1063455930110.136620339253-0.07402024248250.2509636044930.0554440146006-0.01408108604770.410344022134-0.0325503121240.27083638407546.934157461116.842916235848.2067225602
124.328752695842.33381803455-1.326616156054.83116682886-1.302653669784.890278578110.289236183923-0.825442082682-0.7923529288580.497229144644-0.562944340202-0.4785593808310.2224493506130.2901967895490.2755032166050.410845858246-0.0255414738734-0.008709380487010.6293718076720.136885881360.50016217015133.218753650712.231770005684.0991419055
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 1:124)AA1 - 1241 - 125
22(chain A and resid 125:227)AA125 - 227126 - 209
33(chain B and resid 1:107)BB1 - 1071 - 112
44(chain B and resid 108:213)BB108 - 213113 - 218
55(chain C and resid 1:116)CC1 - 1161 - 117
66(chain C and resid 117:227)CC117 - 227118 - 209
77(chain D and resid 1:107)DD1 - 1071 - 112
88(chain D and resid 108:213)DD108 - 213113 - 218
99(chain E and resid 1:116)EE1 - 1161 - 117
1010(chain E and resid 117:227)EE117 - 227118 - 211
1111(chain F and resid 1:104)FF1 - 1041 - 109
1212(chain F and resid 105:213)FF105 - 213110 - 218
1313(chain H and resid 1:126)HG1 - 1261 - 127
1414(chain H and resid 134:227)HG134 - 227128 - 209
1515(chain L and resid 1:107)LH1 - 1071 - 114
1616(chain L and resid 108:213)LH108 - 213115 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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