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- PDB-6ug9: Complex of ch28/11 Fab and SSEA-4 (hexagonal form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ug9
タイトルComplex of ch28/11 Fab and SSEA-4 (hexagonal form)
要素
  • ch28/11 Fab heavy chain
  • ch28/11 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / CHIMERIC ANTIBODY / ANTIGEN BINDING FRAGMENT / SSEA-4 / COMPLEX
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Soliman, C. / Ramsland, P.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: The terminal sialic acid of stage-specific embryonic antigen-4 has a crucial role in binding to a cancer-targeting antibody.
著者: Soliman, C. / Chua, J.X. / Vankemmelbeke, M. / McIntosh, R.S. / Guy, A.J. / Spendlove, I. / Durrant, L.G. / Ramsland, P.A.
履歴
登録2019年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ch28/11 Fab light chain
H: ch28/11 Fab heavy chain
B: ch28/11 Fab light chain
A: ch28/11 Fab heavy chain
K: ch28/11 Fab light chain
J: ch28/11 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0349
ポリマ－138,5516
非ポリマー3,4833
水2,378132
1
L: ch28/11 Fab light chain
H: ch28/11 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3453
ポリマ－46,1842
非ポリマー1,1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19150 Å2
手法PISA
2
B: ch28/11 Fab light chain
A: ch28/11 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3453
ポリマ－46,1842
非ポリマー1,1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
3
K: ch28/11 Fab light chain
J: ch28/11 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3453
ポリマ－46,1842
非ポリマー1,1611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.952, 169.952, 95.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: 抗体 ch28/11 Fab light chain


分子量: 23166.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ch28/11 Fab heavy chain


分子量: 23016.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1161.026 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, iso-Propanol, sodium HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→50 Å / Num. obs: 41405 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.74→2.8 Å / Num. unique obs: 6561 / Rrim(I) all: 0.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UG7

6ug7


解像度: 2.74→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.346
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2469 1992 4.8 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1735 41356 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.91 Å2 / Biso mean: 54.8146 Å2 / Biso min: 18.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9596 0 237 132 9965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0210088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.97713744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.824321395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.60351264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21424.538357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.428151569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3511527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3915.3015083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3895.35082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2677.9436338
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 147 -
Rwork0.325 2870 -
all-3017 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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