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- PDB-6qu9: Fab fragment of an antibody that inhibits polymerisation of alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qu9
タイトルFab fragment of an antibody that inhibits polymerisation of alpha-1-antitrypsin
要素
  • FAB 4B12 heavy chain
  • FAB 4B12 light chain
キーワードPROTEIN BINDING / Alpha-1 antitrypsin / Z variant / polymers / protein aggregation / monoclonal antibody / Fab fragment / COPD / protease inhibitor / glycoprotein / deficiency
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jagger, A.M. / Heyer-Chauhan, N. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N024842/1 英国
Other governmentUCLH/NIHR Biomedical Research Centre 英国
Other privateAlpha-1 Foundation project grant to J. Irving 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The structural basis for Z α-antitrypsin polymerization in the liver.
著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / ...著者: Sarah V Faull / Emma L K Elliston / Bibek Gooptu / Alistair M Jagger / Ibrahim Aldobiyan / Adam Redzej / Magd Badaoui / Nina Heyer-Chauhan / S Tamir Rashid / Gary M Reynolds / David H Adams / Elena Miranda / Elena V Orlova / James A Irving / David A Lomas /
要旨: The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal ...The serpinopathies are among a diverse set of conformational diseases that involve the aberrant self-association of proteins into ordered aggregates. α-Antitrypsin deficiency is the archetypal serpinopathy and results from the formation and deposition of mutant forms of α-antitrypsin as "polymer" chains in liver tissue. No detailed structural analysis has been performed of this material. Moreover, there is little information on the relevance of well-studied artificially induced polymers to these disease-associated molecules. We have isolated polymers from the liver tissue of Z α-antitrypsin homozygotes (E342K) who have undergone transplantation, labeled them using a Fab fragment, and performed single-particle analysis of negative-stain electron micrographs. The data show structural equivalence between heat-induced and ex vivo polymers and that the intersubunit linkage is best explained by a carboxyl-terminal domain swap between molecules of α-antitrypsin.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB 4B12 heavy chain
L: FAB 4B12 light chain
A: FAB 4B12 heavy chain
B: FAB 4B12 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1169
ポリマ－93,7164
非ポリマー3995
水7,656425
1
H: FAB 4B12 heavy chain
L: FAB 4B12 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9774
ポリマ－46,8582
非ポリマー1192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
A: FAB 4B12 heavy chain
B: FAB 4B12 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1385
ポリマ－46,8582
非ポリマー2803
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.268, 105.102, 105.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 FAB 4B12 heavy chain


分子量: 23374.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c
#2: 抗体 FAB 4B12 light chain


分子量: 23484.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c

-
非ポリマー , 4種, 430分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日 / 詳細: Vertical CRL / horizontal eliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→105.1 Å / Num. obs: 69862 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.83 / Net I/av σ(I): 9.8 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.946.50.8451.644690.7920.3590.9190.5799.9
9.11-105.15.20.05220.97460.9960.0250.0580.6999.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.74 Å29.5 Å
Translation3.74 Å29.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14-3260精密化
XDS20180126データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model generated using RosettaAntibody protocol

解像度: 1.9→63.287 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 3388 4.86 %
Rwork0.2019 --
obs0.2034 69773 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.66 Å2 / Biso mean: 48.0283 Å2 / Biso min: 26.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→63.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6378 0 23 425 6826
Biso mean--53.15 49.28 -
残基数----848
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-1.92710.31671460.29992716
1.9271-1.95590.32151300.28742779
1.9559-1.98650.33551390.27772721
1.9865-2.0190.32921560.27222685
2.019-2.05390.32551540.26282738
2.0539-2.09120.28451190.26712769
2.0912-2.13140.31971140.25212758
2.1314-2.17490.24771220.24812719
2.1749-2.22220.28791300.242772
2.2222-2.27390.27521410.23632746
2.2739-2.33080.27991430.23952741
2.3308-2.39380.27581510.23932771
2.3938-2.46430.25331440.24062705
2.4643-2.54380.2791460.23722750
2.5438-2.63470.23541530.23442786
2.6347-2.74020.26351460.23572728
2.7402-2.86490.28311210.23512779
2.8649-3.0160.27731620.22842768
3.016-3.20490.28121410.21022753
3.2049-3.45240.22281540.2092792
3.4524-3.79980.24251640.18522756
3.7998-4.34950.18441070.16782857
4.3495-5.47940.15961530.14822841
5.4794-63.2870.19721520.17822955

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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