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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o1h | ||||||
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タイトル | Tryptophan synthase Q114A mutant in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site, and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / Tryptophan synthase / mutant Q114A / lyase-inhibitor / protein complex / Salmonella | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, ...タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, Cesium ion at the metal coordination site, and [3-hydroxy-2-methyl-5-phosphonooxymethyl-pyridin-4-ylmethyl]-serine (PLS) at the beta-site. 著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 310.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4hpjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trpA, DD95_04145 / プラスミド: pEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutant Q114A-beta / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42617.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q114A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Beta-chain contains mutation Q114A 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trpB, STM1726 / プラスミド: pEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutation Q114A / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 7種, 739分子 












#3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-F9F / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-HVK / | #8: 化合物 | ChemComp-1D0 / ( | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 % / 解説: Large plate-like or rectangular-like crystals |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100 mM Bicine-CsOH, pH 7.8, 5-10% PEG8000, 2 mM F9F, 0.01 mM PLP PH範囲: 7.7-8.0 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cobra Cryosystem / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月2日 / 詳細: Varimax Confocal Max-Flux | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Osmic Varimax HF ArcSec / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→40 Å / Num. obs: 90369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.051 / Net I/av σ(I): 9.6 / Net I/σ(I): 11.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Phasing dm | 手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 90010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4HPJ 解像度: 1.64→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.049 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.28 Å2 / Biso mean: 29.599 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.64→39.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.683 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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