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- PDB-6o1h: Tryptophan synthase Q114A mutant in complex with N-(4'-trifluorom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1h
タイトルTryptophan synthase Q114A mutant in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the enzyme alpha-site, cesium ion at the metal coordination site, and 2-aminophenol quinonoid at the enzyme beta site
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / Tryptophan synthase / mutant Q114A / lyase-inhibitor / protein complex / Salmonella
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1D0 / : / Chem-F9F / pyridin-2-amine / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01GM097569-06A1 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, ...タイトル: Crystal structure of Salmonella typhimurium Tryptophan Synthase mutant beta-Q114A with 2-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (F9F) at the alpha-site, Cesium ion at the metal coordination site, and [3-hydroxy-2-methyl-5-phosphonooxymethyl-pyridin-4-ylmethyl]-serine (PLS) at the beta-site.
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,79232
ポリマ－71,3162
非ポリマー2,47630
水12,773709
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, To verify the oligomeric size of Tryptophan synthase (TS) mutant beta-Q114A in buffered solution, we have used a HiPrep 16/60 Sephacryl S-100 High Resolution column (GE ...根拠: gel filtration, To verify the oligomeric size of Tryptophan synthase (TS) mutant beta-Q114A in buffered solution, we have used a HiPrep 16/60 Sephacryl S-100 High Resolution column (GE Healthcare) in 50mM bicine:CsCl, pH 7.80, containing 50mM CsCl and 0.01mM PLP at 10 degrees Celsius. 1mg of pure TS mutant beta-Q114A was loaded at a flowrate of 30mL/h and 2mL fraction size. Marker proteins were used for column calibration: ferritin (440 kDa), aldolase (158 kDa), conalbumin (75 kDa), and lactalbumin (14 kDa). The effluent was monitored by absorbance at 280nm and the protein sample from the peak fraction was loaded in a 15% SDS-PAGE gel. Tryptophan synthase is a tetrameter composed of two alpha-chains and two beta-chains (Alpha2-Beta2).
  • 148 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,58464
ポリマ－142,6334
非ポリマー4,95160
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area18630 Å2
ΔGint-435 kcal/mol
Surface area41480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.749, 60.720, 67.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, DD95_04145 / プラスミド: pEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutant Q114A-beta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42617.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q114A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Beta-chain contains mutation Q114A
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB, STM1726 / プラスミド: pEBA-10 / 詳細 (発現宿主): mutation Q114A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 7種, 739分子

#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-F9F / 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZENESULFONYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F9


分子量: 365.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F3NO7PS
#5: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-HVK / pyridin-2-amine / 2-アミノピリジン


分子量: 94.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6N2
#8: 化合物 ChemComp-1D0 / (2E)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]-3-[(2-hydroxyphenyl)amino]propanoic acid


分子量: 425.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N3O8P
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 % / 解説: Large plate-like or rectangular-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 100 mM Bicine-CsOH, pH 7.8, 5-10% PEG8000, 2 mM F9F, 0.01 mM PLP
PH範囲: 7.7-8.0 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cobra Cryosystem / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月2日 / 詳細: Varimax Confocal Max-Flux
放射モノクロメーター: Osmic Varimax HF ArcSec / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→40 Å / Num. obs: 90369 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.051 / Net I/av σ(I): 9.6 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.64-1.733.40.3062.4130330.1950.3640.30699.5
1.73-1.833.40.2033.6124130.1280.2410.20399.8
1.83-1.963.50.1484.7117270.0920.1750.148100
1.96-2.123.50.17.1108760.0620.1170.1100
2.12-2.323.60.0769100770.0460.0890.076100
2.32-2.593.60.06310.690950.0380.0730.063100
2.59-2.993.70.05312.280210.0320.0610.053100
2.99-3.673.70.04314.468290.0260.050.043100
3.67-5.193.70.03120.253220.0190.0360.031100
5.19-39.3083.60.03118.329760.0190.0370.03199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.58 Å19.77 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 90010
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.89-10032.60.904613
6.29-8.8939.10.8951082
5.13-6.2936.40.9011370
4.44-5.1326.60.9271621
3.98-4.4425.30.931839
3.63-3.9823.20.9362022
3.36-3.6322.60.9352176
3.14-3.3622.50.9342362
2.96-3.1421.80.932496
2.81-2.9622.70.9192618
2.68-2.8121.40.9182752
2.57-2.6820.70.932880
2.47-2.5720.60.9183003
2.38-2.4719.70.9223099
2.3-2.3819.10.9223236
2.22-2.3190.9233321
2.16-2.2219.40.9253404
2.1-2.1617.90.9263557
2.04-2.119.50.9183652
1.99-2.0420.80.9153763
1.94-1.9921.10.9173818
1.9-1.9421.60.9043899
1.85-1.922.80.9014005
1.81-1.8523.30.9074069
1.78-1.81240.9044174
1.74-1.7825.50.8874288
1.71-1.7427.20.8884339
1.68-1.7129.60.8714365
1.64-1.6838.70.7836187

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear2データ収集
iMOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
直接法7.0.067位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HPJ

4hpj


解像度: 1.64→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 5.049 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 4448 4.9 %RANDOM
Rwork0.1538 ---
obs0.156 85508 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.28 Å2 / Biso mean: 29.599 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å20.14 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4950 0 119 743 5812
Biso mean--36.06 43.48 -
残基数----663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125249
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.6317127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3095686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80521.882255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59315838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6091533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024056
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.95735249
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 321 -
Rwork0.329 6194 -
all-6515 -
obs--98.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0007-0.00040.00050.0051-0.0060.0083-0.001-0.0039-0.0067-0.0036-0.0008-0.00580.01230.00010.00180.05980.0015-0.01550.1414-0.00280.110235.971518.20629.6259
20.0068-0.0020.00410.0007-0.00120.0025-0.0033-0.01080.0028-0.00130.00030.0008-0.0009-0.00580.0030.061-0.0001-0.01480.1352-0.00270.116438.9472.38796.7884
30.0020.00950.00290.22060.07120.0232-0.0008-0.00360.01170.01530.0121-0.02460.0051-0.0003-0.01120.05080.0052-0.01110.1482-0.00030.109843.5567-0.671619.4761
43.4961-1.5812-1.07071.03960.41760.7041-0.0264-0.292-0.0137-0.02880.058-0.167-0.05450.1575-0.03150.0575-0.0016-0.00550.19180.02350.144250.4999-0.569226.8745
50.01360.01710.00280.02570.00350.00090.00070.0001-0.0026-0.00550.0025-0.00070.0034-0.0022-0.00330.05590.0029-0.01160.1468-0.00130.11246.323417.268621.5957
60.0006-0.0021-0.00020.00850.00070.0001-0.00160.00260.00230.00360.0010.00050.0005-0.00040.00050.0613-0.0004-0.01260.1323-0.00060.115112.4066-14.05424.881
70.067-0.04890.08050.0385-0.06240.1022-0.0122-0.00740.00050.00120.0029-0.01310.0003-0.00370.00930.05750.0027-0.01580.1351-0.00350.117213.37153.054432.0102
80.00010.000100.00380.00010.0001-0.00020.0008-0.0022-0.00080.002-0.00060.0017-0.0011-0.00180.0624-0.0004-0.0130.132-0.00030.1158.1027-6.057414.7972
90.00480.0001-0.00160.00140.00020.00060.00140.0003-0.0151-0.0075-0.0065-0.0006-0.0019-0.00310.00510.05120.007-0.0210.142-0.00180.1207-6.5498-1.074818.5754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5A203 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6B2 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B101 - 165
8X-RAY DIFFRACTION8B166 - 365
9X-RAY DIFFRACTION9B366 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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