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- PDB-5cgq: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimur... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cgq | ||||||
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Title | Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with F9 ligand in the alpha-site and the product L-Tryptophan in the beta-site. | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / carbon-oxygen lyase / tryptophan biosynthesis / Salmonella typhimurium / F6F / inhibitor / allosteric enzyme / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / TRANSFERASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Young, R.P. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with F9 ligand and the product L-Tryptophan in the beta-site. Authors: Hilario, E. / Caulkins, B.G. / Young, R.P. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 315 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 254.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ht3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: trpA / Plasmid: Derivative of Pbr322 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 42918.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: trpB / Plasmid: Derivative of Pbr322 / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 795 molecules ![](data/chem/img/F9F.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/BCN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/TRP.gif)
![](data/chem/img/BCN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-F9F / | ||||||||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PLP / | #6: Chemical | ChemComp-TRP / | #7: Chemical | ChemComp-BCN / | #8: Chemical | ChemComp-EDO / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: 50 mM Bicine-CsOH, pH 7.6, 10% PEG 8,000, 100 mM CsCl2, 1 mM spermine PH range: 7.6 -7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 4, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SIBYLS KOHZU DUAL DOUBLE SI(111) CRYSTAL MONOCHROMATOR (DDCM) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.18→40 Å / Num. all: 231646 / Num. obs: 231646 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 9.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 2151280 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4HT3 Resolution: 1.18→39.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.1629 / WRfactor Rwork: 0.1413 / FOM work R set: 0.8915 / SU B: 1.035 / SU ML: 0.021 / SU R Cruickshank DPI: 0.033 / SU Rfree: 0.0326 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 74.37 Å2 / Biso mean: 17.768 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.18→39.21 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.18→1.211 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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