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- PDB-4hpx: Crystal structure of Tryptophan Synthase at 1.65 A resolution in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpx
タイトルCrystal structure of Tryptophan Synthase at 1.65 A resolution in complex with alpha aminoacrylate E(A-A) and benzimidazole in the beta site and the F9 inhibitor in the alpha site
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / carbon-oxygen lyase / tryptophan biosynthesis / Salmonella / F9F / benzimidazole / allosteric enzyme / Amino-acid biosynthesis / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / alpha amino acrylate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / BENZIMIDAZOLE / : / Chem-F9F / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hilario, E. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Allostery and substrate channeling in the tryptophan synthase bienzyme complex: evidence for two subunit conformations and four quaternary states.
著者: Niks, D. / Hilario, E. / Dierkers, A. / Ngo, H. / Borchardt, D. / Neubauer, T.J. / Fan, L. / Mueller, L.J. / Dunn, M.F.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22021年9月29日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,93917
ポリマ－71,6182
非ポリマー2,32215
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23250 Å2
手法PISA
2
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,87934
ポリマ－143,2354
非ポリマー4,64430
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area17940 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area42610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.960, 60.960, 67.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-954-

HOH

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Yang et al (1996) Protein Expression and Purification, 8:126-136.
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: STM1727, trpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Yang et al (1996) Protein Expression and Purification, 8:126-136.
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: STM1726, trpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 7種, 737分子

#3: 化合物 ChemComp-F9F / 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZENESULFONYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F9


分子量: 365.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11F3NO7PS
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-BZI / BENZIMIDAZOLE / ベンゾイミダゾ-ル


分子量: 118.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N2
#6: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#7: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8000, 2 mM Spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→91.686 Å / Num. all: 87817 / Num. obs: 87817 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.743.60.332.344289124650.3396.2
1.74-1.843.60.2243.442397118810.22496.9
1.84-1.973.60.1614.640255112980.16197.6
1.97-2.133.60.1136.537601105390.11398.2
2.13-2.333.60.0848.33504198180.08498.8
2.33-2.613.60.0699.83197689280.06999.4
2.61-3.013.60.05911.42867279340.05999.8
3.01-3.693.70.05311.72467367540.053100
3.69-5.223.70.034181935052520.034100
5.22-29.3763.60.034181067429480.03499.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 48.68 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.38 Å
Translation2.5 Å29.38 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 87788
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.94-10022.20.876599
6.32-8.9426.70.8551068
5.16-6.3225.80.8441356
4.47-5.1619.20.8931610
4-4.4719.30.8941815
3.65-419.90.8822008
3.38-3.6519.80.8882157
3.16-3.3821.50.8662335
2.98-3.1621.70.8522477
2.83-2.9823.10.8392582
2.7-2.83240.8372720
2.58-2.723.80.8462867
2.48-2.58240.8432969
2.39-2.4824.10.8373064
2.31-2.3923.60.8483170
2.24-2.3122.80.8553262
2.17-2.24240.8463368
2.11-2.1722.60.8453419
2.05-2.1124.20.8453591
2-2.0523.60.8453639
1.95-225.20.8413737
1.91-1.9524.90.8463752
1.86-1.9125.20.8453897
1.83-1.86260.843942
1.79-1.8326.40.8534023
1.75-1.7927.20.8464076
1.72-1.7528.30.8294147
1.69-1.7228.60.8394243
1.65-1.6938.90.765895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TJP

1tjp


解像度: 1.65→28.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1874 / WRfactor Rwork: 0.1415 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / FOM work R set: 0.8794 / SU B: 3.776 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.1118 / SU Rfree: 0.0871 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1901 4390 5 %RANDOM
Rwork0.1421 ---
all0.1445 87867 --
obs0.1445 87784 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.34 Å2 / Biso mean: 23.318 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20.12 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5008 0 140 722 5870
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.9977550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8085755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17724.139244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31815940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3571539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.62835540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.9065164
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.41455961
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 285 -
Rwork0.321 5824 -
all-6109 -
obs--95.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21770.0826-0.13430.0802-0.04830.11440.00050.04550.0169-0.00650.00570.0158-0.0019-0.0186-0.00610.01130.0014-0.01150.0158-0.00090.0436-53.6722-2.375421.4103
20.1063-0.10210.00890.14310.06280.1150.0014-0.0020.011-0.00320.0024-0.00950.0006-0.0006-0.00370.0250.0012-0.0080.0058-0.00150.0422-38.56663.211523.8852
30.18-0.128-0.0630.24120.02370.02530.0131-0.00080.0075-0.0007-0.01190.0074-0.00630.0013-0.00130.02920.0008-0.0070.0152-0.00280.0357-40.1167-9.912928.3448
40.34820.2045-0.13260.3641-0.21210.1244-0.00810.0327-0.0206-0.02980.00940.00410.017-0.0078-0.00130.02610.0049-0.00940.0115-0.00350.0328-45.2036-16.309418.4609
51.28710.8907-1.65581.8083-1.55422.2726-0.03690.2557-0.0628-0.0991-0.01390.06580.063-0.26580.05080.02810.0093-0.03420.0817-0.03510.051-53.6435-15.34516.9898
60.1253-0.01490.03890.0372-0.01250.019100.02020.0221-0.0174-0.0020.0295-0.00490.00020.0020.02740.0093-0.01390.01030.00060.0407-48.0561-1.529610.9864
72.101820.43681.91820.46190.33820.0351-0.0140.12660.0234-0.02540.11410.0086-0.0137-0.00970.02510.0151-0.00690.0128-0.00010.0416-50.117910.386813.4969
80.0715-0.0306-0.05670.0251-0.01080.161-0.00650.0107-0.0130.00350.00470.00770.0171-0.04670.00180.0341-0.0052-0.010.0173-0.00350.0329-30.4258-27.967913.8662
90.0810.09780.07060.15230.13650.1492-0.00370.00080.00360.0124-0.00560.01110.0240.0070.00930.0313-0.0016-0.00620.0192-0.00250.0336-6.2987-33.14373.199
100.028-0.0028-0.00370.0008-0.00050.03470.00160.00250.0008-0.0014-0.002600.0003-0.00480.0010.0340.0004-0.00810.0134-0.00020.033-14.0212-20.44712.8119
110.0392-0.00460.00120.00840.01630.0419-0.0029-0.00430.0042-0.00120.00250.0047-0.00420.01180.00040.0326-0.001-0.00850.0165-0.00040.03253.4491-18.129519.3155
120.106-0.14540.23550.2223-0.35040.5778-0.01730.01750.01030.0356-0.0128-0.0258-0.06120.03420.03020.0374-0.0057-0.00580.01410.00030.03274.2832-16.365715.4909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3A92 - 136
4X-RAY DIFFRACTION4A137 - 187
5X-RAY DIFFRACTION5A188 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6A203 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7A248 - 268
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 37
9X-RAY DIFFRACTION9B38 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10B67 - 322
11X-RAY DIFFRACTION11B323 - 364
12X-RAY DIFFRACTION12B365 - 396

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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