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Yorodumi- PDB-4kkx: Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimur... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kkx | ||||||
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Title | Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium with 2-aminophenol quinonoid in the beta site and the F6 inhibitor in the alpha site | ||||||
Components | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / Lyase / carbon-oxygen lyase / tryptophan biosynthesis / F6F / allosteric enzyme / 2-aminophenol quinonoid / biosynthesis / aromatic amino acid biosynthesis / pyridoxal phosphate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Hilario, E. / Niks, D. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J. / Fan, L. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Allostery and substrate channeling in the tryptophan synthase bienzyme complex: evidence for two subunit conformations and four quaternary states. Authors: Niks, D. / Hilario, E. / Dierkers, A. / Ngo, H. / Borchardt, D. / Neubauer, T.J. / Fan, L. / Mueller, L.J. / Dunn, M.F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kkx.cif.gz | 278.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kkx.ent.gz | 220 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kkx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4kkx_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4kkx_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4kkx_validation.xml.gz | 36.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4kkx_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kkx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4hn4C 4hpjSC 4hpxC 4ht3C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: trpA / Cell line (production host): CB149 / Strain (production host): Escherichia coli / References: UniProt: P00929, tryptophan synthase |
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#2: Protein | Mass: 42918.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Gene: trpB / Cell line (production host): CB149 / Strain (production host): Escherichia coli / References: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase |
-Non-polymers , 7 types, 947 molecules
#3: Chemical | ChemComp-F6F / | ||||||||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-AQ3 / | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 50 mM Bicine-NaOH, 10-14% PEG 8000, 2 mM spermine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 6, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.77→91.626 Å / Num. all: 63604 / Num. obs: 63604 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.8 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4HPJ Resolution: 1.77→29.429 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8796 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 102.26 Å2 / Biso mean: 18.7278 Å2 / Biso min: 4.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77→29.429 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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