PDB-7m3s: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimuriu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m3s

タイトル

The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the alpha-and beta-site, sodium ion at the metal coordination site, and another F6F molecule at the enzyme beta-site at 1.55 Angstrom resolution. One of the beta-Q114 rotamer conformations allows a hydrogen bond to form with the PLP oxygen at the position 3 in the ring

要素

(Tryptophan synthase ...) x 2

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / inhibitor / internal aldimine form / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The internal aldimine form of the wild-type Salmonella Typhimurium Tryptophan Synthase in complex with N-(4'-trifluoromethoxybenzoyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F6F) inhibitor at the ...
著者: Hilario, E. / Dunn, M.F. / Mueller, L.J.

履歴

登録	2021年3月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m3s.cif.gz	282.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m3s.ent.gz	224.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/7m3s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ht3S 4kkx 4wx2 4y6g 4zqc 5bw6 7ku9 7ly8 7m2l S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6c73-d 6o1h-d 4kkx-d 2clf-d 7m2l-d 2trs-d 6x0c-d 6xnc-d 2cll-d 7jmq-d 7jll-d 1wbj-d 2clo-d 2j9z-d 4hpj-d 7k0b-d 1kfb-d 6xt0-d 6xrh-d 4wx2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Tryptophan Synthase complex (alpha2-beta2). TS is a tetramer in solution and composed of two alpha-chains and two beta-chains.

2

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.518, 58.598, 67.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.180, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tryptophan synthase alpha chain 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase
#2: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpB / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

#1: タンパク質

Tryptophan synthase alpha chain

分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpA, STM1727 / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P00929, tryptophan synthase

#2: タンパク質

Tryptophan synthase beta chain

分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: trpB / プラスミド: pEBA-10 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CB149 / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

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非ポリマー , 8種, 566分子

#3: 化合物	ChemComp-F6F / 2-{[4-(TRIFLUOROMETHOXY)BENZOYL]AMINO}ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / N-(4'-TRIFLUOROMETHOXYBENZOYL)-2-AMINO-1-ETHYLPHOSPHATE, F6 / りん酸二水素2-(4-トリフルオロメトキシベンゾイル)アミノエチル分子量: 329.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁F₃NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 % / 解説: large plate-like crystal
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 50 mM Bicine-CsOH, 10% PEG 8,000, 2 mM Spermine, pH 7.8 PH範囲: 7.60-8.00 / Temp details: constant

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: constant / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年1月18日 / 詳細: VariMax HighFlux

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→91.018 Å / Num. obs: 100288 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.064 / R_sym value: 0.039 / Net I/av σ(I): 12.6 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.55-1.63	2.3	0.146	4.9	25796	11155	0.141	0.222	0.146	3.9	73.8
1.63-1.73	3.3	0.13	5.5	47461	14171	0.1	0.187	0.13	5.9	98.6
1.73-1.85	3.5	0.096	7.5	46586	13449	0.075	0.142	0.096	8	99.4
1.85-2	3.5	0.07	10.1	44063	12589	0.056	0.106	0.07	11.4	99.8
2-2.19	3.6	0.052	12.6	41306	11632	0.044	0.083	0.052	15.3	100
2.19-2.45	3.6	0.041	16	37661	10511	0.036	0.069	0.041	18.9	99.9
2.45-2.83	3.6	0.036	18.2	33873	9331	0.032	0.062	0.036	22	100
2.83-3.47	3.7	0.033	19.1	28996	7877	0.028	0.054	0.033	26.7	99.9
3.47-4.9	3.7	0.027	22.4	22731	6139	0.023	0.045	0.027	31.4	99.9
4.9-39.115	3.6	0.028	19.2	12489	3434	0.028	0.054	0.028	29.9	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R rigid body: 0.393

	最高解像度	最低解像度
Rotation	39.12 Å	1.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	0.5.902	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
MOLREP	11.7.02	位相決定
PHENIX	1.19-4092	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HT3

4ht3

解像度: 1.55→39.41 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	4966	5.03 %
R_work	0.1769	93816	-
obs	0.1781	98782	95.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.26 Å² / B_iso mean: 29.2848 Å² / B_iso min: 7.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→39.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4914	0	100	564	5578
B_iso mean	-	-	34.48	35.21	-
残基数	-	-	-	-	661

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3515	86	0.3372	1846	1932	57
1.57-1.59	0.2985	103	0.312	2179	2282	66
1.59-1.61	0.3209	120	0.3126	2420	2540	75
1.61-1.63	0.3449	139	0.3051	2822	2961	86
1.63-1.65	0.332	166	0.2897	3040	3206	94
1.65-1.67	0.2905	163	0.2666	3252	3415	100
1.67-1.69	0.2819	180	0.2536	3178	3358	100
1.69-1.72	0.2711	189	0.2332	3281	3470	100
1.72-1.75	0.2532	159	0.2282	3210	3369	100
1.75-1.77	0.2648	147	0.2253	3274	3421	100
1.77-1.8	0.2574	184	0.2155	3206	3390	100
1.8-1.84	0.2427	185	0.2078	3246	3431	100
1.84-1.87	0.2369	156	0.1971	3286	3442	100
1.87-1.91	0.1936	162	0.1911	3244	3406	100
1.91-1.95	0.2162	190	0.1851	3240	3430	100
1.95-2	0.2162	173	0.1893	3249	3422	100
2-2.05	0.194	182	0.1946	3260	3442	100
2.05-2.1	0.2319	196	0.1768	3214	3410	100
2.1-2.17	0.2143	164	0.1713	3285	3449	100
2.17-2.24	0.2132	177	0.1706	3251	3428	100
2.24-2.32	0.1753	190	0.174	3202	3392	100
2.32-2.41	0.2109	164	0.1699	3305	3469	100
2.41-2.52	0.197	160	0.1748	3247	3407	100
2.52-2.65	0.1974	195	0.1676	3257	3452	100
2.65-2.82	0.2167	167	0.1728	3279	3446	100
2.82-3.03	0.1762	150	0.1764	3304	3454	100
3.03-3.34	0.1855	204	0.1636	3244	3448	100
3.34-3.82	0.1749	189	0.1446	3276	3465	100
3.82-4.81	0.1535	148	0.1282	3344	3492	100
4.81-39.41	0.1537	178	0.1561	3375	3553	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8185	-0.7241	0.5632	2.4731	0.0181	2.1169	0.5037	-0.4195	0.8432	-0.0271	-0.1895	-0.8297	-0.4705	0.8093	-0.1803	0.2748	-0.163	0.033	0.4406	-0.003	0.4885	51.368	11.984	11.736
2	3.1686	0.8431	-0.6544	2.6305	-0.3607	2.1938	0.3025	-0.2533	0.4189	0.1164	-0.2074	-0.0952	-0.4174	0.2303	-0.046	0.1774	-0.0577	0.0564	0.1851	-0.0189	0.2158	38.165	9.46	8.911
3	5.3846	-1.2312	-1.1917	2.8923	-2.0783	3.0362	0.2004	-1.2602	-0.321	0.4114	-0.3528	-0.0695	-0.2623	0.5866	0.1527	0.283	-0.1347	-0.1048	0.5422	0.1051	0.3964	43.968	-1.704	19.616
4	4.3516	-3.1869	-1.1257	6.0997	1.5515	0.5992	-0.2728	-1.3968	-0.3415	1.0763	0.1599	-0.3324	0.6089	0.8214	0.0082	0.3739	0.0048	-0.2438	0.8116	0.191	0.767	52.738	-5.051	21.489
5	1.4056	0.084	-0.0353	1.6853	-0.4642	1.2974	0.1252	-1.1214	0.4764	0.6865	0.1859	-0.3377	-0.5258	0.3975	-0.1381	0.5028	-0.21	-0.0845	0.7327	-0.2201	0.4754	46.495	14.307	24.04
6	2.6238	0.0456	0.1997	2.2331	-0.0905	0.3617	0.0033	-0.6901	0.6729	0.405	0.0461	-0.5341	-0.711	0.2787	-0.0276	0.8042	-0.3605	-0.0467	0.6061	-0.2247	0.6025	47.676	21.032	20.048
7	1.3976	0.2936	-0.3962	1.1085	-0.7289	2.1275	0.028	-0.17	-0.2728	0.0583	-0.1383	-0.2177	0.1552	0.5728	0.0826	0.1175	0.041	-0.0172	0.2339	0.0304	0.1746	27.584	-12.938	19.543
8	2.1527	-0.8414	0.6129	1.6186	-1.074	2.5376	0.1031	-0.1371	-0.213	0.0218	-0.0633	-0.049	0.1865	-0.0481	-0.0627	0.1434	-0.0055	0.0061	0.0735	-0.0119	0.1068	2.835	-17.798	29.876
9	2.2737	0.6337	0.2886	0.4159	0.2206	1.5957	0.0691	-0.123	-0.1104	0.02	-0.0262	-0.0393	0.0013	-0.0908	-0.0302	0.1393	0.0074	-0.0126	0.0476	0.007	0.0943	2.603	-12.41	24.921
10	2.2711	0.7418	-1.0585	1.5278	-0.137	2.4318	0.2669	-0.095	0.4575	0.1178	-0.0735	0.0116	-0.4923	0.2447	-0.1516	0.2246	-0.0695	0.0427	0.1714	-0.0225	0.1837	14.399	2.877	32.58
11	1.1925	0.3198	-0.3657	2.5942	0.7095	2.5725	0.1685	-0.2418	0.2567	0.1179	0.0297	-0.3859	-0.3222	0.5184	-0.1443	0.1381	-0.0619	-0.0028	0.243	-0.0206	0.1923	24.243	-1.652	25.839
12	1.9032	0.2311	-0.5301	0.2295	-0.2098	1.2077	0.0199	0.1196	0.0804	-0.0327	0.0159	-0.02	0.0003	-0.0039	-0.0309	0.1084	0.0197	-0.0064	0.0753	-0.0087	0.0737	8.43	-8.133	13.361
13	1.7925	-0.3527	-0.9248	0.4068	0.1255	1.3455	0.0621	0.0897	0.1562	-0.0168	0.0082	-0.0007	-0.1445	-0.0982	-0.0797	0.1169	0.0137	-0.0086	0.0909	0.0175	0.091	2.49	-4.235	12.308
14	1.6495	0.6188	0.2534	1.3064	-0.0302	2.9086	0.0334	0.0639	0.2173	0.038	0.0678	0.1102	-0.2734	-0.2427	-0.0336	0.1094	0.0427	0.0306	0.1231	0.0287	0.1072	-6.82	-3.615	15.525

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:29 )	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 30:159 )	A	30 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 160:187 )	A	160 - 187
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 188:207 )	A	188 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 208:247 )	A	208 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 248:267 )	A	248 - 267
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 2:37 )	B	2 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 38:66 )	B	38 - 66
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 67:100 )	B	67 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 101:165 )	B	101 - 165
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 166:196 )	B	166 - 196
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 197:301 )	B	197 - 301
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 302:343 )	B	302 - 343
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 344:394 )	B	344 - 394

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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