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- PDB-6xt0: Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with dioxind... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xt0 | ||||||
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Title | Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with dioxindolyl-L-alanine and D-glycerol-3-phosphate | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / multi-enzyme complex / allosteric enzyme product complex | ||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phillips, R.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives. Authors: Phillips, R.S. / Harris, A.P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 342.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6xncC ![]() 6xoyC ![]() 6xrhC ![]() 2tysS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28698.797 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase |
---|---|
#2: Protein | Mass: 42918.879 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: trpB / Production host: ![]() ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 895 molecules ![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/X9D.gif)
![](data/chem/img/VE4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1GP.gif)
![](data/chem/img/X9D.gif)
![](data/chem/img/VE4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-1GP / | #5: Chemical | ChemComp-X9D / | #6: Chemical | ChemComp-VE4 / | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.05 M bicine, pH 7.8, 5 mM EDTA, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, and 1 mM spermine tetrahydrochloride with 6-8% glycerol and 10-12% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.321→92.044 Å / Num. obs: 86081 / % possible obs: 87.2 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 15.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.32→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 75.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2TYS Resolution: 1.37→46.02 Å / SU ML: 0.157 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.843 Stereochemistry target values: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.37→46.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.37→1.4 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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