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Yorodumi- PDB-5ocw: Structure of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase in sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ocw | ||||||
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Title | Structure of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase in space group F222 | ||||||
Components |
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Keywords | ELECTRON TRANSPORT / tryptophan synthesis Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4 Å | ||||||
Authors | Futterer, K. / Abrahams, K. / Cox, J.A.G. / Besra, G.S. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Inhibiting mycobacterial tryptophan synthase by targeting the inter-subunit interface. Authors: Abrahams, K.A. / Cox, J.A.G. / Futterer, K. / Rullas, J. / Ortega-Muro, F. / Loman, N.J. / Moynihan, P.J. / Perez-Herran, E. / Jimenez, E. / Esquivias, J. / Barros, D. / Ballell, L. / Alemparte, C. / Besra, G.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ocw.cif.gz | 2.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ocw.ent.gz | 2.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ocw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ocw_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ocw_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | Display | |
Data in XML | 5ocw_validation.xml.gz | 282.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5ocw_validation.cif.gz | 364.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5e0kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 29921.943 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Gene: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase #2: Protein | Mass: 46865.520 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Gene: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase #3: Chemical | ChemComp-P1T / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.42 Å3/Da / Density % sol: 77.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES, pH 6.0, 50 % polypropylene 701 glycol 400, 5 % DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 4→49.8 Å / Num. obs: 160634 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.4 |
Reflection shell | Resolution: 4→4.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.539 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5E0K Resolution: 4→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.815 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.788 / SU B: 222.14 / SU ML: 1.258 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.913 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 126.446 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 4→49.8 Å
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Refine LS restraints |
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