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- PDB-6ub9: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ub9 | |||||||||
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Title | Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - AMINOACRYLATE- AND BRD6309-BOUND FORM | |||||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | |||||||||
![]() | Lyase/Lyase Inhibitor / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Lyase-Lyase Inhibitor complex | |||||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - AMINOACRYLATE- AND BRD6309-BOUND FORM Authors: Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 954.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 795.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 87 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 118.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5tcjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 28579.449 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 43334.598 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 9 types, 208 molecules ![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/P1T.gif)
![](data/chem/img/H9V.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MLA.gif)
![](data/chem/img/P1T.gif)
![](data/chem/img/H9V.gif)
![](data/chem/img/CS.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-MLA / #5: Chemical | ChemComp-P1T / #6: Chemical | ChemComp-H9V / ( #7: Chemical | ChemComp-CS / #8: Chemical | ChemComp-ACT / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-EDO / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 8% TACSIMATE, 20% PEG3350, 5% PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9788 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.783→30 Å / Num. obs: 84351 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.219 / Χ2: 0.935 / Net I/σ(I): 4.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TCJ Resolution: 2.783→29.893 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.03 Å2 / Biso mean: 43.1215 Å2 / Biso min: 15.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.783→29.893 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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