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- PDB-6u6c: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - a... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u6c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - aminoacrylate- and GSK2-bound form | ||||||
![]() | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
![]() | Lyase/Lyase Inhibitor / PLP / HETEROTETRAMER / AMINO ACID BIOSYNTHESIS / SUBSTRATE CHANNELING / LYASE-LYASE INHIBITOR COMPLEX / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Allosteric inhibitors of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase. Authors: Michalska, K. / Chang, C. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / Robertson, G.T. / Gusovsky, F. / McCarren, P. / Schreiber, S.L. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 822.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 777 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 791 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6usaC ![]() 6dweS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
#1: Protein | Mass: 28579.449 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 43334.598 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 13 types, 1350 molecules ![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/PZV.gif)
![](data/chem/img/P1T.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/PZV.gif)
![](data/chem/img/P1T.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-FMT / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Chemical | ChemComp-MLI / #7: Chemical | ChemComp-PZV / #8: Chemical | ChemComp-P1T / #9: Chemical | ChemComp-PEG / #10: Chemical | ChemComp-K / #11: Chemical | ChemComp-EPE / #12: Chemical | ChemComp-ALA / | #13: Chemical | #14: Chemical | ChemComp-NA / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.12 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2M sodium malonate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 24, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→30 Å / Num. obs: 138216 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.308 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.321 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 3 / Num. measured all: 1758336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6DWE Resolution: 2.402→29.876 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.74 Å2 / Biso mean: 31.1161 Å2 / Biso min: 4.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.402→29.876 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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