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Yorodumi- PDB-6e9p: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - o... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6e9p | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - open form with BRD0059 bound | ||||||
Components | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex / LYASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.569 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - closed form with BRD6309 bound Authors: Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6e9p.cif.gz | 958.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6e9p.ent.gz | 792.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6e9p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6e9p_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6e9p_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
| Data in XML | 6e9p_validation.xml.gz | 89.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6e9p_validation.cif.gz | 121.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9p | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6dweC ![]() 5tciS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 8 molecules ACEGBDFH
| #1: Protein | Mass: 28579.449 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 43562.711 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 276 molecules 












| #3: Chemical | | #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-HDJ / ( #7: Chemical | ChemComp-MLT / | #8: Chemical | ChemComp-FMT / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 8% Tacsimate, 20% PEG3350, 5% PEG400 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9788 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9788 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.569→30 Å / Num. obs: 110035 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 1.155 / Net I/σ(I): 4.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5tci Resolution: 2.569→29.343 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.86
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 131.7 Å2 / Biso mean: 42.3839 Å2 / Biso min: 12.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.569→29.343 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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