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Yorodumi- PDB-6dwe: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dwe | ||||||
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Title | Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - aminoacrylate- and BRD0059-bound form | ||||||
Components | (Tryptophan synthase ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE INHIBITOR / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.691 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - closed form with BRD6309 bound Authors: Chang, C. / Michalska, K. / Maltseva, N.I. / Jedrzejczak, R. / McCarren, P. / Nag, P.P. / Joachimiak, A. / Satchell, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dwe.cif.gz | 975.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dwe.ent.gz | 807.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dwe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6dwe_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6dwe_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 6dwe_validation.xml.gz | 95.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6dwe_validation.cif.gz | 132.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwe | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6e9pC 5tcjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Tryptophan synthase ... , 2 types, 8 molecules AGECBHFD
#1: Protein | Mass: 28579.449 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase #2: Protein | Mass: 43334.598 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / Plasmid: pMCSG81 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase |
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-Non-polymers , 10 types, 822 molecules
#3: Chemical | ChemComp-MLI / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-P1T / #6: Chemical | ChemComp-CS / #7: Chemical | ChemComp-HDJ / ( #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-EDO / | #11: Chemical | ChemComp-PGE / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 8% Tacsimate, pH 8.0, 20% PEG3350, 100 mM sodium malonate, pH 7.0 PH range: 7.0~8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.691→30 Å / Num. obs: 98448 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.775 / Net I/σ(I): 4.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 5TCJ Resolution: 2.691→29.899 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.32
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.5 Å2 / Biso mean: 41.9582 Å2 / Biso min: 1.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.691→29.899 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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