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- PDB-6xrh: Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with oxindol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrh
タイトルSalmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with oxindolyl-L-alanine and D-glycerol-3-phosphate
要素(Tryptophan synthase ...) x 2
キーワードLYASE / multi-enzyme complex / allosteric enzyme product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / Chem-VCP / Chem-VCS / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of the Stereochemistry of Inhibition of Tryptophan Synthase by Tryptophan and Derivatives.
著者: Phillips, R.S. / Harris, A.P.
履歴
登録2020年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,80520
ポリマ－71,6182
非ポリマー2,18818
水13,061725
1
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子

A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,61140
ポリマ－143,2354
非ポリマー4,37536
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)184.180, 58.200, 67.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.339, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-612-

HOH

21B-932-

HOH

-
要素

-
Tryptophan synthase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpA, DD95_04145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6FWC1, UniProt: P00929*PLUS, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: trpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A2K1, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 6種, 743分子

#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#5: 化合物 ChemComp-VCP / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-3-[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]-L-alanine


分子量: 449.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-VCS / 4-[(E)-({1-carboxy-2-[(3S)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]ethan-1-id-1-yl}iminio)methyl]-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-1-ium-3-olate


分子量: 449.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N3O8P
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.05 M Bicine-Na, pH 7.8, 1 mM EDTA, 0.1 mM PLP, 1 mM DTT, and 1 mM spermine tetrahydrochloride, containing 10-12% PEG 3350 and 6-10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.436→45.85 Å / Num. obs: 75381 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 14.98 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.436→1.494 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.781 / Num. unique obs: 3768 / CC1/2: 0.33 / Rrim(I) all: 1.955 / % possible all: 47.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TYS.pdb

2tys


解像度: 1.44→45.85 Å / SU ML: 0.1316 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 1999 2.65 %
Rwork0.1653 73307 -
obs0.1662 75306 58.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5010 0 98 726 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7977778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.662148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.470.364620.317363X-RAY DIFFRACTION0.72
1.47-1.510.23890.3427346X-RAY DIFFRACTION3.89
1.51-1.560.2887290.33631049X-RAY DIFFRACTION11.79
1.56-1.610.3305570.29812112X-RAY DIFFRACTION23.58
1.61-1.660.3388870.29583184X-RAY DIFFRACTION35.63
1.66-1.730.2921170.27384267X-RAY DIFFRACTION47.99
1.73-1.810.27711470.25595410X-RAY DIFFRACTION60.34
1.81-1.910.25811730.22336314X-RAY DIFFRACTION70.84
1.91-2.030.20841960.20297206X-RAY DIFFRACTION80.42
2.03-2.180.21282140.17317824X-RAY DIFFRACTION87.32
2.18-2.40.21782320.16418547X-RAY DIFFRACTION94.83
2.4-2.750.18972420.15878868X-RAY DIFFRACTION98.9
2.75-3.460.1642440.14148951X-RAY DIFFRACTION99.24
3.46-45.850.17022500.13189166X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.110850015040.601365460215-0.1400908585394.27327652312-0.3881201137331.858907460960.2857011416890.2742788145180.364274400594-0.169589184836-0.2265145280880.258244805989-0.391032754859-0.503190577735-0.009928372902190.260931220580.1667438953490.07676761475830.3145418737240.03022998794650.33938349540540.497995489534.165208584921.5897360033
21.33560461966-0.532532439796-0.07332177513011.728759721760.3589095851271.134442761820.1572762788580.0930816591020.330687962968-0.0601756700658-0.105210614319-0.0698250999932-0.280302472814-0.0698516190611-0.03234610671230.1412617327930.02198040998690.06376895398720.1320097398360.01263882090580.22156806198153.013036635928.151862168425.8535801469
32.38119844305-0.5446367471430.3381881366781.38657206395-0.4239079947914.803772401540.2099646926280.481818423563-0.341833182454-0.183343742349-0.2511540298530.2623195664650.17828963978-0.3780685245350.01695792506920.1278771865420.04746599127740.008560682667210.252487342911-0.0673626946910.23461501370446.463177072616.252322644518.0993479863
42.581906632550.34299690861-0.1615987091294.17025482375-0.644029042511.468137700550.1821509785980.9364105550420.241781962612-0.554775509525-0.1582676490330.306382113306-0.369008860039-0.5230580559120.005836914499170.3353341323920.2206182440110.001523480253550.5846997937710.06981809571740.31275526622341.442049470331.340007178810.1327598712
50.610313280268-0.445380107477-0.5216009860131.031763080640.5713724512471.921897208640.1147467189790.146470089926-0.230180930167-0.0782081230524-0.09082471355430.08960491436850.13551562333-0.630964462680.0239127497170.0647555973106-0.053841567962-0.02422815173570.116972848113-0.01749161921350.16980229241161.48809773644.8110109578413.4437568351
61.41087328849-0.06353500556120.03008342922650.639658760150.3255721018341.88744723505-0.01376704455630.285111255318-0.0302532178450.0532566057153-0.03982720700270.102198616580.2461777757620.298812688722-0.01507365837070.0668269061086-0.007313801205220.02519663668370.02458281049910.009138446376830.068108154574890.22591720010.8744885655167.16175513012
71.35108076269-0.6615373628020.2236931828150.436790228533-0.2721691714561.160326949620.0572562431810.111728758837-0.0713250515374-0.0392620122028-0.009689563853230.0541484709774-0.0430848367415-0.170023537301-0.03778864825110.0622411150474-0.00519501995959-0.00742511979330.0987830688342-0.008908088539540.058160552532878.83188251259.784438465483.14882925347
82.04458634046-0.690402269607-1.406986521911.560895522731.066909594034.040773302210.517938726249-0.2965366063480.6391101287030.0111324680644-0.00094603507924-0.190259350169-1.036403701170.22173013212-0.4035110864840.374176373326-0.04655624670970.1376617664860.21692212376-0.03261207196420.24536663229478.334267360125.17858387422.6239126563
91.210679038670.0512858091683-0.0002519298335450.3720313720410.1724538609771.636641623550.02653959140930.0262069058718-0.012119604174-0.0182885185253-0.0220531369560.02492886106680.0236768816138-0.146370702504-0.009015311927030.0380299783235-0.01432854434590.003922180959610.05807178900440.01072273083230.051899668992278.51445480967.724114064914.8521872043
102.244283823010.179026744649-0.1396737964180.03261096187180.1551931962620.8404733648970.129390487627-0.1118625901840.4554719499910.0369288921628-0.07594930555870.139173489418-0.179111026746-0.0618779094779-0.06049933973140.0898586988846-0.004073281234240.01659729240750.0862884619173-0.02699603719660.15911677549472.004868432320.529057510523.9421483184
111.668462489420.205495488774-0.5502046028160.342813241853-0.2044213762341.434261653480.0219094746486-0.04851898465970.02961949534390.00462115026536-0.0163524274486-0.026925038545-0.03819497075780.130291337786-0.006124930102670.0604246673081-0.00511729082192-0.002410174464650.0586002795671-0.01632718481060.062538345209889.760498925813.371570866720.6622279015
120.672460934561-0.2471089388950.5918005476840.984286039931-0.2810889006571.54435293132-0.06367424608170.1891433703440.1773822836370.03439969391940.0687761271395-0.0331511712357-0.5513652074360.4182501848750.05106432205030.208312467886-0.0903756200860.02234888609450.1578784936070.01448256819280.095057237436696.452856283817.34642806915.7990755923
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 42 )AA2 - 421 - 41
22chain 'A' and (resid 43 through 136 )AA43 - 13642 - 151
33chain 'A' and (resid 137 through 187 )AA137 - 187152 - 207
44chain 'A' and (resid 188 through 268 )AA188 - 268208 - 293
55chain 'B' and (resid 2 through 37 )BF2 - 371 - 36
66chain 'B' and (resid 38 through 70 )BF38 - 7037 - 78
77chain 'B' and (resid 71 through 126 )BF71 - 12679 - 148
88chain 'B' and (resid 127 through 167 )BF127 - 167149 - 215
99chain 'B' and (resid 168 through 269 )BF168 - 269216 - 331
1010chain 'B' and (resid 270 through 301 )BF270 - 301332 - 374
1111chain 'B' and (resid 302 through 364 )BF302 - 364375 - 446
1212chain 'B' and (resid 365 through 397 )BF365 - 397447 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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