PDB-6mee: Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mee

タイトル

Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC74

要素

antibody HEPC74 Heavy Chain
antibody HEPC74 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design.
著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J.

履歴

登録	2018年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mee.cif.gz	506.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mee.ent.gz	422.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mee.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6mee	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6medC 6mefC 6megC 6mehC 6meiC 6mejC 6mekC 4mwfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d0x-d 6c5i-d 5ywf-1 6xli-1 4h20-d 6co3-d 1hil-2 1rih-d 2fjf-6 5it2-d 5ysl-2 2adg-d 3dro-d 2ai0-2 5vh3-1 6al4-3 6dwa-1 4kzd-2 4wht-8 4xbg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antibody HEPC74 Heavy Chain

B: antibody HEPC74 Light Chain

C: antibody HEPC74 Heavy Chain

D: antibody HEPC74 Light Chain

97.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: antibody HEPC74 Heavy Chain

B: antibody HEPC74 Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: antibody HEPC74 Heavy Chain

D: antibody HEPC74 Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.130, 63.586, 73.760
Angle α, β, γ (deg.)	80.310, 74.110, 83.730
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	antibody HEPC74 Heavy Chain 分子量: 25385.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody HEPC74 Light Chain 分子量: 23470.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.86 % / Mosaicity: 0.6 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1M BIS-Tris pH5.5, and 25% PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.36→39.13 Å / Num. obs: 190823 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 1209314 / Scaling rejects: 340

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.36-1.38	6.3	1.37	58622	9351	0.451	0.587	1.495	1.3	92.1
7.45-39.13	7.8	0.042	9526	1214	0.999	0.016	0.044	38.8	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MWF

4mwf

解像度: 1.36→35.097 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	9561	5.01 %
R_work	0.1673	181234	-
obs	0.1684	190795	93.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.45 Å² / B_iso mean: 28.5449 Å² / B_iso min: 9.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.36→35.097 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6592	0	0	1404	7996
B_iso mean	-	-	-	36.07	-
残基数	-	-	-	-	873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6753
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	9202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	1054
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.553	2444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.36-1.3755	0.3264	294	0.3282	5964	6258	92
1.3755-1.3916	0.3189	335	0.3122	5948	6283	92
1.3916-1.4086	0.3315	297	0.3019	6001	6298	93
1.4086-1.4264	0.3276	329	0.2928	5896	6225	92
1.4264-1.4452	0.3453	287	0.2939	5959	6246	91
1.4452-1.465	0.3172	335	0.2768	5836	6171	92
1.465-1.4859	0.2967	330	0.2593	6013	6343	93
1.4859-1.5081	0.2674	315	0.2401	5955	6270	92
1.5081-1.5317	0.2879	311	0.2423	6102	6413	93
1.5317-1.5568	0.2289	324	0.2192	5966	6290	94
1.5568-1.5836	0.2358	323	0.2071	6018	6341	93
1.5836-1.6124	0.2286	332	0.2034	5931	6263	92
1.6124-1.6435	0.2317	319	0.2028	6074	6393	94
1.6435-1.677	0.2132	310	0.1954	6078	6388	94
1.677-1.7135	0.2196	330	0.1926	6030	6360	94
1.7135-1.7533	0.203	303	0.1907	5973	6276	93
1.7533-1.7972	0.2306	310	0.1846	6028	6338	93
1.7972-1.8458	0.2156	318	0.1842	6157	6475	95
1.8458-1.9001	0.2	349	0.1752	6064	6413	95
1.9001-1.9614	0.1763	331	0.1673	6052	6383	95
1.9614-2.0315	0.1716	340	0.1593	6190	6530	95
2.0315-2.1128	0.1874	271	0.1596	6146	6417	94
2.1128-2.2089	0.1807	324	0.1571	6049	6373	94
2.2089-2.3254	0.1823	343	0.1573	6125	6468	96
2.3254-2.471	0.17	326	0.1567	6211	6537	96
2.471-2.6618	0.1831	297	0.152	6203	6500	96
2.6618-2.9295	0.1867	330	0.1525	6019	6349	93
2.9295-3.3531	0.1707	315	0.1524	6137	6452	95
3.3531-4.2235	0.1744	320	0.1447	6149	6469	95
4.2235-35.1088	0.1451	313	0.1339	5960	6273	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7936	-0.236	0.3362	0.8162	-0.1258	0.669	0.0111	-0.0998	-0.0587	0.0661	-0.06	-0.1029	0.1611	0.0176	-0.0115	0.1321	0.0042	-0.0139	0.1292	0.0211	0.147	34.417	-74.301	52.158
2	0.5967	0.0248	0.1073	0.3308	-0.2884	0.7078	-0.0141	-0.2462	-0.0528	0.0739	-0.0094	-0.0668	-0.2503	-0.0832	0.0001	0.183	0.0536	-0.007	0.2255	0.0042	0.1355	49.235	-42.471	41.366
3	0.5121	0.0005	-0.2183	0.9186	-0.2421	0.3846	0.0114	-0.014	-0.0124	-0.0913	-0.0227	0.021	0.0646	-0.0868	0.0002	0.1126	-0.0049	-0.0192	0.1201	-0.0125	0.118	18.754	-64.89	40.852
4	0.5159	0.3149	0.0779	0.2557	-0.1073	0.6736	-0.027	0.1155	0.0303	-0.0022	0.0044	-0.0074	-0.0412	0.0281	-0	0.1231	0.0162	0.0031	0.1424	0.0171	0.1562	44.347	-45.554	25.876
5	0.5225	-0.2088	-0.3847	1.0376	0.4905	0.5307	0.0493	-0.0177	-0.0092	-0.0029	-0.0281	-0.0665	-0.1505	0.1725	0.0095	0.1577	-0.0354	-0.0007	0.1645	-0.0109	0.1387	52.539	-50.945	-10.712
6	0.5398	0.0862	0.4476	1.008	0.0924	0.7295	0.0343	0.0837	-0.0769	-0.0191	-0.0959	0.0927	0.1656	-0.1687	0.0001	0.1978	-0.0246	0.009	0.1918	-0.0454	0.1317	26.382	-72.763	1.943
7	0.5697	0.3187	-0.2602	0.8241	-0.2214	0.7073	0.0298	-0.0014	0.1005	0.0137	0.057	0.0834	-0.2147	0.0366	0.0001	0.1891	-0.0166	0.0091	0.1255	0.0017	0.142	40.032	-38.246	1.229
8	0.4233	-0.0631	-0.3428	0.3802	-0.054	1.0607	-0.0545	0.0238	-0.0112	0.0354	-0.0074	-0.0126	0.0924	-0.0324	-0.0005	0.183	-0.006	0.007	0.1165	-0.0141	0.1472	27.835	-67.306	16.739

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:125 )	A	2 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 126:215 )	A	126 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 1:110 )	B	1 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 111:213 )	B	111 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 1:125 )	C	1 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 126:215 )	C	126 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 1:110 )	D	1 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 111:213 )	D	111 - 213

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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