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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6med | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of broadly neutralizing antibody HEPC3 | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / HCV glycoprotein / broadly neutralizing antibodies | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Flyak, A.I. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018 タイトル: HCV Broadly Neutralizing Antibodies Use a CDRH3 Disulfide Motif to Recognize an E2 Glycoprotein Site that Can Be Targeted for Vaccine Design. 著者: Flyak, A.I. / Ruiz, S. / Colbert, M.D. / Luong, T. / Crowe Jr., J.E. / Bailey, J.R. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6med.cif.gz | 486.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6med.ent.gz | 402.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6med.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6med_validation.pdf.gz | 470.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6med_full_validation.pdf.gz | 479.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6med_validation.xml.gz | 56.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6med_validation.cif.gz | 82.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6med ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/6med | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 25418.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23384.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % / Mosaicity: 0.33 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.3M sodium chloride, and 0.1M sodium cacodylate pH 6.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.04→85 Å / Num. obs: 114454 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 32.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 502647 / Scaling rejects: 224 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MWF 解像度: 2.04→39.583 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 195.48 Å2 / Biso mean: 40.6303 Å2 / Biso min: 10.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.04→39.583 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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