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- PDB-6k65: Application of anti-helix antibodies in protein structure determi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k65 | |||||||||
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Title | Application of anti-helix antibodies in protein structure determination (9014-1P4B) | |||||||||
![]() |
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / antibody / protein design | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Lee, J.O. / Jin, M.S. / Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G.Y. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Application of antihelix antibodies in protein structure determination. Authors: Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 132.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 102 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 438.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 439.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6k3mC ![]() 6k64C ![]() 6k67C ![]() 6k68C ![]() 6k69C ![]() 6k6aC ![]() 6k6bC ![]() 1deeS ![]() 1p4bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 8883.901 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NCTC 8325 / Gene: spa, SAOUHSC_00069 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 11836.013 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 12216.560 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.8M NaK phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5, |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 103 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 23, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 44481 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 31.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.7 Å / Num. unique obs: 4320 / Rpim(I) all: 0.22 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1P4B, 1DEE Resolution: 1.65→36.217 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.06
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→36.217 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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