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- PDB-6g40: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g40
タイトルStructure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH9525
要素N-glycosylase/DNA lyase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / N-glycosylase / DNA lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / cellular response to cadmium ion / response to light stimulus / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / cellular response to reactive oxygen species / response to radiation / base-excision repair / nuclear matrix / response to estradiol / microtubule binding / response to oxidative stress / response to ethanol / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal ...TATA-Binding Protein - #40 / 8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ELK / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Masuyer, G. / Helleday, T. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Optimization of N-Piperidinyl-Benzimidazolone Derivatives as Potent and Selective Inhibitors of 8-Oxo-Guanine DNA Glycosylase 1.
著者: Wallner, O. / Cazares-Korner, A. / Scaletti, E.R. / Masuyer, G. / Bekkhus, T. / Visnes, T. / Mamonov, K. / Ortis, F. / Lundback, T. / Volkova, M. / Koolmeister, T. / Wiita, E. / Loseva, O. / ...著者: Wallner, O. / Cazares-Korner, A. / Scaletti, E.R. / Masuyer, G. / Bekkhus, T. / Visnes, T. / Mamonov, K. / Ortis, F. / Lundback, T. / Volkova, M. / Koolmeister, T. / Wiita, E. / Loseva, O. / Pandey, M. / Homan, E. / Benitez-Buelga, C. / Davies, J. / Scobie, M. / Warpman Berglund, U. / Kalderen, C. / Stenmark, P. / Helleday, T. / Michel, M.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年5月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: N-glycosylase/DNA lyase
C: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,08212
ポリマ－107,4503
非ポリマー1,6329
水1,910106
1
A: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4515
ポリマ－35,8171
非ポリマー6344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3454
ポリマ－35,8171
非ポリマー5293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2863
ポリマ－35,8171
非ポリマー4702
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.860, 81.335, 168.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase


分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Recombinant construct of mouse OGG1 residues 11-325. Expressed with a cleavable N-terminal his tag (residues 8-10 from expression tag after cleavage)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 5種, 115分子

#2: 化合物 ChemComp-ELK / ~{N}-(3-methoxy-4-methyl-phenyl)-4-(4-methoxy-2-oxidanylidene-3~{H}-benzimidazol-1-yl)piperidine-1-carboxamide


分子量: 410.466 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Monosaccharides, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 50 % v/v Precipitant Mix 3 (Morpheus screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→81.34 Å / Num. obs: 39789 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2906 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 1.028 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EBM

1ebm


解像度: 2.49→81.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 14.587 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.301 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26258 1953 4.9 %RANDOM
Rwork0.21796 ---
obs0.22013 37771 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 82.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.12 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----3.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.49→81.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7531 0 114 106 7751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1381.95310696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89316434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8615943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.0923.027370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.408151229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8421563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8398.423788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.848.4193783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.81912.6224723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.81912.6234724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3138.4774072
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3128.4774073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.97912.6245974
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.97694.3198693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.97694.3268694
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.554 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 173 -
Rwork0.39 2710 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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