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- PDB-6l1w: Zinc-finger Antiviral Protein (ZAP) bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l1w
タイトルZinc-finger Antiviral Protein (ZAP) bound to RNA
要素
  • RNA (5'-R(*CP*GP*UP*CP*GP*U)-3')
  • Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / DEAD/H-box RNA helicase binding / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / response to virus / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response ...positive regulation of RIG-I signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / DEAD/H-box RNA helicase binding / negative regulation of viral genome replication / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of type I interferon production / response to virus / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. ...ZAP, zinc finger / ZAP, helix turn helix N-terminal domain / Zap helix turn helix N-terminal domain / Zinc-finger antiviral protein (ZAP) zinc finger domain 3 / WWE domain / : / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Virus-associated RNAs (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Luo, X. / Wang, X. / Gao, Y. / Zhu, J. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)91753133 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Molecular Mechanism of RNA Recognition by Zinc-Finger Antiviral Protein.
著者: Luo, X. / Wang, X. / Gao, Y. / Zhu, J. / Liu, S. / Gao, G. / Gao, P.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1
C: RNA (5'-R(*CP*GP*UP*CP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5246
ポリマ－28,2622
非ポリマー2624
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.450, 80.548, 84.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger CCCH-type antiviral protein 1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 13 / ARTD13 / Inactive Poly [ADP-ribose] polymerase 13 / PARP13


分子量: 26088.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Zc3hav1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UPF5
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*UP*CP*GP*U)-3')


分子量: 2174.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Virus-associated RNAs (ウイルス)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 7.5, 0.25 M MgCl2, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. obs: 12471 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.286 / Num. unique obs: 616 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U9G

3u9g


解像度: 2.194→40.274 Å / FOM work R set: 0.8056 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 609 4.88 %
Rwork0.2057 11862 -
obs0.2076 12471 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.02 Å2 / Biso mean: 45.17 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.194→40.274 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1722 103 24 99 1948
Biso mean--51.44 36.12 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8752571
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.381743
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.194-2.41430.30121560.2434280897
2.4143-2.76360.30331600.22432931100
2.7636-3.48150.25031430.20712996100
3.4815-40.2740.20561500.18963127100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7361-0.00620.97212.3514-0.39352.25330.091-0.1353-0.4454-0.0637-0.06340.0911.234-0.2481-0.03070.6219-0.01870.04280.21390.0450.3268-1.42664.92310.528
21.4073-0.3805-0.14013.64351.42292.6213-0.0543-0.20450.2989-0.2996-0.25360.3086-0.4788-0.25680.28180.1835-0.0195-0.02190.1404-0.01830.2376-2.18191.46916.7
32.7562-1.7332-0.75843.5739-1.51352.06780.2836-1.25850.55680.6856-0.2441-1.5589-0.56611.25070.05250.0204-0.3208-0.29020.7509-0.15610.368912.87191.06321.83
42.37050.3626-0.09472.4041-0.13263.24390.0799-0.5803-0.1680.4784-0.1562-0.10770.1610.04420.07660.2019-0.0276-0.00050.24880.06680.17030.76879.59319.909
51.80660.25640.04972.0159-0.81364.84060.02880.71540.7265-0.8468-0.2129-0.3811-0.41870.12730.11440.46540.00890.11010.45730.19930.37195.9992.83-3.561
64.02680.24690.32032.35770.92422.77340.09140.35590.6154-0.05080.0646-0.2135-1.15070.7247-0.19950.516-0.1525-0.00490.38690.11730.32019.37793.912-5.168
71.89770.6616-0.30523.07550.50452.4606-0.1560.43260.0713-0.62320.1756-0.2718-0.59810.3509-0.09450.3550.00940.10470.39720.03340.25345.96785.326-4.086
82.15620.9461-0.00023.7647-0.12644.55790.10210.1204-0.1092-0.2241-0.0397-0.01240.34110.1054-0.05440.18370.0310.05740.13530.01460.15881.12777.557-0.092
9-0.03970.1222-0.0424-0.0435-0.0534-0.0294-0.01360.1080.1008-0.42280.01330.12260.2469-0.21040.15970.3874-0.20060.01370.48060.00580.384511.7798.9029.196
100.001-0.0001-0.0012-0.0008-0.00090.00010.07490.04010.0638-0.00120.1079-0.1642-0.05450.0456-0.07810.9809-0.345-0.05981.50310.2241.56822.93294.58915.551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:66 )A4 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 67:86 )A67 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 87:114 )A87 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 115:141 )A115 - 141
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 142:160 )A142 - 160
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 161:178 )A161 - 178
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 179:208 )A179 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 209:225 )A209 - 225
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID -2:2 )C-2 - 2
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 4:4 )C4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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