PDB-6k64: Application of anti-helix antibodies in protein structure determi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k64

タイトル

Application of anti-helix antibodies in protein structure determination (8188-3LRH)

要素

3LRH intrabody
Protein A

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / antibody / protein design

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.933 Å

データ登録者

Lee, J.O. / Jin, M.S. / Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G.Y.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Application of antihelix antibodies in protein structure determination.
著者: Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O.

履歴

登録	2019年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/6k64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/6k64	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6k3mC 6k65C 6k67C 6k68C 6k69C 6k6aC 6k6bC 1deeS 3lrhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p5x-d 6k6a-d 2ff4-2 3qjf-1 6vth-2 1ztp-4 3cjr-d 5xu6-4 6d6i-2 5cup-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3LRH intrabody

B: 3LRH intrabody

H: Protein A

C: Protein A

46.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.061, 41.261, 62.436
Angle α, β, γ (deg.)	85.97, 75.49, 68.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3LRH intrabody 分子量: 14203.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Protein A 分子量: 8855.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: spa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02976*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Authors have fused c-terminal of protein A and n-terminal of huntingtin peptides and produced ...Authors have fused c-terminal of protein A and n-terminal of huntingtin peptides and produced engineered protein A. Residues from K51 to Q60 of chain H and residues from K2851 to Q2860 of chain C are originated from huntingtin peptides from 3LRH structure.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG 4000 0.1M MOPS pH 6.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22184 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 28
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Num. unique obs: 1830 / R_pim(I) all: 0.111

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2142: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LRH, 1DEE

3lrh

1dee

解像度: 1.933→30.439 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	2018	9.1 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1742	22183	94.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.933→30.439 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2494	0	0	222	2716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	3440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.114	1532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	456

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9335-1.9818	0.2538	96	0.2003	929	X-RAY DIFFRACTION	60
1.9818-2.0354	0.2802	122	0.1887	1417	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0354-2.0953	0.247	152	0.1742	1485	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0953-2.1629	0.2376	142	0.169	1474	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1629-2.2402	0.2151	150	0.174	1469	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2402-2.3298	0.218	139	0.1786	1523	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3298-2.4358	0.2256	151	0.1742	1474	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4358-2.5642	0.2069	148	0.1743	1497	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5642-2.7247	0.2267	160	0.1712	1489	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7247-2.935	0.2239	148	0.1793	1504	X-RAY DIFFRACTION	98
2.935-3.23	0.1906	145	0.168	1503	X-RAY DIFFRACTION	98
3.23-3.6967	0.2006	150	0.1587	1497	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6967-4.6548	0.1633	159	0.1468	1488	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6548-30.443	0.2096	156	0.1959	1416	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4045	-2.33	0.9624	1.134	-0.067	0.2652	-0.8565	0.9489	-0.5337	-0.7296	0.0159	0.6445	0.2409	-0.8762	1.2045	0.3976	-0.1132	0.0277	0.3277	-0.1488	0.3909	-22.485	-2.803	-59.365
2	8.1272	-1.63	0.1075	2.0892	2.4741	8.9338	-0.5217	-0.6631	-0.7209	0.5435	-0.3697	0.5137	0.7582	-0.1689	0.819	0.4041	0.0153	0.0964	0.2775	0.0364	0.4681	-33.308	-2.471	-45.63
3	8.2267	0.293	-6.1336	1.2479	0.1492	4.6384	-0.8349	-0.1994	-0.7067	-0.1727	-0.1401	0.3544	0.4681	-0.1056	1.153	0.2636	0.0239	0.0434	0.1728	0.0209	0.259	-28.226	-1.369	-39.083
4	5.3889	-0.5601	-2.5507	3.8407	1.6422	5.7167	-0.2647	0.1175	-0.0838	-0.3436	0.179	0.0606	0.2322	0.2396	0.0449	0.1827	-0.0046	0.0272	0.097	0.0078	0.1777	-14.139	-1.629	-55.146
5	9.4973	-2.8667	3.4695	2.0559	-0.8316	1.9039	0.0939	-0.7525	0.5328	0.1918	0.4467	1.1548	-0.6337	-0.9047	-0.3649	0.2562	0.1432	-0.0509	0.339	0.1086	0.5102	-28.483	12.673	-51.974
6	1.7651	0.9951	-1.5884	1.5015	1.0882	5.3936	-0.0891	-0.1484	-0.0717	0.1393	0.0472	0.0041	0.2012	0.214	0.0666	0.1311	0.0594	-0.0031	0.1249	0.0177	0.1707	-17.1716	3.8576	-44.5853
7	4.1751	0.5753	-3.3365	2.4117	-0.1459	6.1449	-0.2843	0.1299	0.0179	-0.1663	0.1389	0.2365	0.174	-0.2803	0.1419	0.129	0.0066	-0.0388	0.1011	0.0009	0.1727	-24.1049	4.0049	-52.7367
8	1.5688	0.9024	0.7557	2.9258	-1.6452	2.3226	0.2773	-0.088	0.1288	0.1767	-0.2447	0.2328	-0.8835	0.411	0.1148	0.3055	-0.0553	0.0055	0.2331	0.0039	0.1928	-19.5713	23.2567	-23.4581
9	3.9236	0.2487	-1.7838	5.5154	0.1942	6.4618	0.1366	0.1809	-0.1459	-0.0441	-0.0151	0.2954	-0.1249	0.1345	-0.0902	0.0839	0.0003	0.0044	0.106	0.004	0.1385	-24.2138	13.7539	-16.5802
10	1.3819	0.3728	-1.2249	2.6752	-1.5604	2.954	0.1198	-0.0102	0.03	-0.0512	-0.0783	0.0203	-0.1072	0.2888	-0.0312	0.0983	-0.0098	-0.0222	0.1697	-0.0225	0.1169	-21.2889	14.9425	-19.8114
11	5.5732	-2.3131	-0.2878	2.0872	-0.8256	6.8523	-0.536	-0.7814	-0.9645	0.1081	0.5487	-0.0104	0.3269	0.9196	0.0145	0.2252	0.0129	0.0633	0.3667	0.066	0.3488	-21.8299	-14.8401	-15.0474
12	6.5949	-0.3904	-1.416	8.812	1.8282	6.4082	-0.2956	0.1271	-0.642	0.1844	0.0428	0.6093	0.0848	-0.5648	0.2704	0.1241	-0.0064	0.0321	0.1853	-0.0073	0.2673	-29.5526	-3.0481	-15.0159
13	9.994	-4.9745	-0.7637	2.527	0.2196	6.7097	-0.0144	0.9926	-0.6491	-0.425	-0.5349	-0.0539	0.6946	-0.0705	0.6039	0.3445	0.0126	0.0826	0.2707	0.0221	0.2725	-22.4519	-7.4453	-23.5952
14	5.1684	-1.98	-1.1637	3.2798	0.7775	4.9665	0.0346	-0.0168	0.034	0.0229	-0.107	-0.3178	0.1708	0.2476	-0.0101	0.1213	0.0115	0.0031	0.1367	0.0366	0.1812	-22.1038	0.1075	-14.7323
15	5.3871	3.237	0.9381	3.3112	1.8366	2.8229	-0.254	-0.0566	0.764	-0.1423	0.1839	-1.0335	-0.4023	0.7266	0.1329	0.7164	-0.1487	-0.1614	0.4984	0.139	0.734	3.4855	25.6123	-42.4294
16	5.1697	4.0505	-0.1938	4.1388	2.0074	5.0815	0.3432	-0.0026	-0.4929	1.0309	-0.9267	-0.7173	0.1778	0.2486	0.4731	0.397	-0.1269	-0.0166	0.2332	0.0755	0.2726	-4.0674	25.6077	-47.9659
17	4.1622	-0.1165	-0.7583	7.856	0.849	7.7004	0.0469	0.232	0.3662	-0.0675	0.0321	-0.202	-0.6273	0.3323	0.0501	0.2004	-0.0223	-0.0001	0.1705	0.0277	0.1685	-11.5542	21.3213	-53.7682
18	8.2256	1.7022	3.6898	6.1362	2.0782	2.1632	-0.1367	-0.2165	0.4029	0.2164	-0.1604	-0.0665	-0.6347	0.053	0.2971	0.3176	-0.0215	0.0413	0.1914	0.009	0.2359	-11.4133	22.6841	-42.0159
19	6.0639	0.8846	2.9539	5.2362	0.5809	6.2777	-0.0157	-0.2873	-0.2395	0.3956	-0.02	-0.5658	-0.1381	0.2894	0.0379	0.138	-0.0067	-0.0006	0.1622	0.0316	0.1753	-6.4491	15.3702	-46.3111
20	2.0805	2.6567	3.3343	8.0092	3.5069	9.6196	0.537	0.6156	1.3393	-0.8926	0.023	0.6246	0.3544	-0.5542	-0.4352	0.287	-0.024	0.0031	0.2849	0.0418	0.2873	-19.1128	12.0451	-60.2765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 9 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 17 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 18 through 23 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 24 through 39 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 40 through 49 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 50 through 76 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 77 through 113 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 23 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 24 through 49 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 50 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 4 through 15 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 16 through 21 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 22 through 35 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 36 through 59 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 2804 through 2808 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2809 through 2815 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 2816 through 2821 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 2822 through 2835 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 2836 through 2853 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 2854 through 2859 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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