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Yorodumi- PDB-5xu6: Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xu6 | ||||||
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Title | Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase (IPK1) from Cryptococcus neoformans | ||||||
Components | Inositol-pentakisphosphate 2-kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Inositol 1 / 3 / 4 / 5 / 6-pentakisphosphate 2-kinase / IPK1 / Inositol phosphate kinase | ||||||
Function / homology | inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol pentakisphosphate 2-kinase activity / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / ATP binding / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase Function and homology information | ||||||
Biological species | Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Oh, J. / Rhee, S. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2017 Title: Crystal structure of inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from Cryptococcus neoformans. Authors: Oh, J. / Lee, D.G. / Bahn, Y.S. / Rhee, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xu6.cif.gz | 300.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xu6.ent.gz | 249.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xu6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xu6_validation.pdf.gz | 481 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5xu6_full_validation.pdf.gz | 503.5 KB | Display | |
Data in XML | 5xu6_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5xu6_validation.cif.gz | 76.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xu6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 46802.840 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Q64A, E66A, E67A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cryptococcus neoformans var. grubii serotype A (fungus) Strain: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / Gene: CNAG_01294 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: J9VKS8 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES pH 6.0, 2.2 M ammonium sulfate, 50 mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.97929 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 25, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97929 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→50.61 Å / Num. obs: 88651 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 322811 / Scaling rejects: 207 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: SAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.35→37.37 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 189.71 Å2 / Biso mean: 52.2376 Å2 / Biso min: 10.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→37.37 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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