[日本語] English
万見
- PDB-6i1o: Fab fragment of an antibody selective for wild-type alpha-1-antit... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1o
タイトルFab fragment of an antibody selective for wild-type alpha-1-antitrypsin
要素
  • FAB 2H2 heavy chain
  • FAB 2H2 light chain
キーワードPROTEIN BINDING / Antibody fragment / Antitrypsin binding / Diagnostic / Monoclonal / selective / wild-type / Glu342 / E342
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Laffranchi, M. / Elliston, E.L.K. / Miranda, E. / Perez, J. / Fra, A. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
資金援助 英国, イタリア, 米国, 4件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N024842/1 英国
Other privateFondazione Cariplo 2013-0967 イタリア
Other privateAlpha-1 Foundation project grant to James Irving 米国
Other governmentUCLH/NIHR Biomedical Research Centre 英国
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2020
タイトル: Intrahepatic heteropolymerization of M and Z alpha-1-antitrypsin.
著者: Laffranchi, M. / Elliston, E.L. / Miranda, E. / Perez, J. / Ronzoni, R. / Jagger, A.M. / Heyer-Chauhan, N. / Brantly, M.L. / Fra, A. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: FAB 2H2 heavy chain
L: FAB 2H2 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4359
ポリマ－46,9412
非ポリマー4937
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.198, 99.198, 80.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-320-

HOH

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 FAB 2H2 heavy chain


分子量: 23129.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c
#2: 抗体 FAB 2H2 light chain


分子量: 23811.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 器官: Spleen / Variant: BALB/c

-
非ポリマー , 4種, 372分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % / 解説: Bladed
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→85.91 Å / Num. obs: 665286 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 29.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.93-1.9619.42.3421.425050.5740.7772.4680.94100
1.96-218.81.669224770.7080.5641.7630.94100
2-2.0419.81.3472.524090.770.4411.4170.95100
2.04-2.0819.51.095323270.8220.3621.1540.96100
2.08-2.1218.50.913.522630.8620.310.9620.97100
2.12-2.1719.60.7624.221900.8720.250.8030.95100
2.17-2.2318.80.6474.821000.8860.2190.6830.97100
2.23-2.2919.70.5365.920400.9220.1760.5640.98100
2.29-2.3619.70.4536.819740.9410.1480.4770.97100
2.36-2.4318.70.3368.718520.9540.1130.3550.98100
2.43-2.5219.30.26510.917870.9690.0870.2790.99100
2.52-2.62190.1941517000.9740.0650.2051.04100
2.62-2.7420.10.14320.215960.9810.0460.151.06100
2.74-2.8819.80.1124.914900.9890.0360.1161.05100
2.88-3.0618.80.08928.813860.9920.030.0941.01100
3.06-3.318.90.07534.112430.9960.0250.0790.99100
3.3-3.63200.06339.411160.9980.020.0660.88100
3.63-4.1618.30.065329480.9990.0210.0680.7100
4.16-5.2418.40.059307520.9990.0190.0620.56100
5.24-85.9917.40.04137.44480.9990.0130.0430.74100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia21.10.2-g9c23cb36c-releaseデータ削減
xia21.10.2-g9c23cb36c-releaseデータスケーリング
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13-2998精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AE6

1ae6


解像度: 1.93→85.91 Å / SU ML: 0.2428 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.3933
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 1655 4.79 %
Rwork0.1986 --
obs0.2004 34552 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→85.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3197 0 26 365 3588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00573335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74974565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.35231176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.990.30531550.26772674X-RAY DIFFRACTION99.65
1.99-2.050.3131280.2582729X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.2771320.24032705X-RAY DIFFRACTION99.79
2.12-2.210.30571440.23592694X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.310.27931250.2322738X-RAY DIFFRACTION99.97
2.31-2.430.28061170.22572735X-RAY DIFFRACTION99.93
2.43-2.580.28681230.22682732X-RAY DIFFRACTION99.86
2.58-2.780.25761530.21742718X-RAY DIFFRACTION100
2.78-3.060.26521710.20592712X-RAY DIFFRACTION99.97
3.06-3.510.2191420.18352767X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.420.17781390.15992780X-RAY DIFFRACTION100
4.42-85.990.1981260.18092913X-RAY DIFFRACTION99.97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る