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万見
- PDB-3sgd: Crystal structure of the mouse mAb 17.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgd
タイトルCrystal structure of the mouse mAb 17.2
要素
  • Heavy Chain
  • Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / Antibody / Antigen binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Boulot, G. / Hontebeyrie, M. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the complex mAb 17.2 and the C-terminal region of Trypanosoma cruzi P2 Beta protein: implications in cross-reactivity
著者: Pizarro, J.C. / Boulot, G. / Bentley, G.A. / Gomez, K.A. / Hoebeke, J. / Hontebeyrie, M. / Levin, M.J. / Smulski, C.R.
履歴
登録2011年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Light Chain
H: Heavy Chain
I: Light Chain
J: Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5497
ポリマ－95,4294
非ポリマー1203
水10,755597
1
L: Light Chain
H: Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7954
ポリマ－47,7142
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
I: Light Chain
J: Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7543
ポリマ－47,7142
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.760, 65.460, 91.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Light Chain


分子量: 24178.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / Cell: HYBRIDOMA
#2: 抗体 Heavy Chain


分子量: 23535.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / Cell: HYBRIDOMA
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 597 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 18% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.7, 0.2M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 122 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.89→30 Å / Num. obs: 41489 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.82 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
BUSTER2.9.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→18.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9495 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9112 / SU R Cruickshank DPI: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 2082 5.02 %RANDOM
Rwork0.1724 ---
all0.1756 ---
obs0.1756 41489 98.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2304 Å20 Å22.1491 Å2
2---0.4326 Å20 Å2
3----0.7978 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→18.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6663 0 3 597 7263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016871HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.259366HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2311SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes153HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes999HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6871HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.66
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion925SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8275SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3122 111 4.12 %
Rwork0.2013 2581 -
all0.2057 2692 -
obs--98.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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