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万見
- PDB-3qeh: Crystal structure of human N12-i15, an ADCC and non-neutralizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qeh
タイトルCrystal structure of human N12-i15, an ADCC and non-neutralizing anti-HIV-1 Env antibody
要素(Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12- ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ADCC and non-neutralizing anti-HIV-1 Env antibody N12-i15 / CD4i antibody / Fab fragment / binds to viral glycoprotein gp120
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Guan, Y. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human N12-i15, an ADCC and non-neutralizing anti-HIV-1 Env antibody
著者: Guan, Y. / DeVico, A.L. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
B: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
C: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
D: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
E: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
F: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
G: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
H: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,53025
ポリマ－195,5198
非ポリマー1,01117
水10,196566
1
A: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
B: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1187
ポリマ－48,8802
非ポリマー2385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
C: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
D: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0786
ポリマ－48,8802
非ポリマー1984
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
3
E: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
F: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1956
ポリマ－48,8802
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
4
G: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain
H: Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1396
ポリマ－48,8802
非ポリマー2594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.121, 125.121, 149.902
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体
Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15, heavy chain


分子量: 25036.100 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab heavy chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab fragment of human anti-HIV-1 Env antibody N12-i15,light chain


分子量: 23843.605 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab light chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 583分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 01 M HEPES sodium, pH 7.5, 2% v/v PEG 400, 2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.941
11K, H, -L20.059
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. all: 71684 / Num. obs: 71539 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.59→2.68 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.783 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.598 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 19.992 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25393 3615 5.1 %RANDOM
Rwork0.21602 ---
obs0.21797 67021 99.85 %-
all-67021 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.57 Å20 Å20 Å2
2--4.57 Å20 Å2
3----9.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12831 0 49 566 13446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02213158
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.95117866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47251641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71824.067541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.458152112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.6921563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.22021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7651.58288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.487213422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47934870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0634.54444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.665 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.559 267 -
Rwork0.462 4761 -
obs--98.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.312-1.4492-0.00582.9475-0.0240.73020.031-0.0280.04130.1712-0.02880.1204-0.1029-0.0203-0.00220.1135-0.0570.02430.0793-0.00820.014457.1038-37.3552-8.7296
20.7482-1.2606-0.45673.25261.50141.26670.17640.15590.0503-0.2869-0.30980.218-0.2887-0.11930.13340.18550.0192-0.00220.080.00290.076352.522-29.3884-24.8627
32.5578-0.7844-0.55930.99290.19780.92820.18150.11710.0501-0.0713-0.09470.14680.035-0.2394-0.08680.1079-0.07180.00860.1732-0.00230.032137.1624-61.2534-0.5766
43.3585-1.18960.80640.8234-0.24030.70120.0016-0.23040.04440.02690.02650.19280.1013-0.2818-0.02810.0625-0.07770.01280.3031-0.02250.106628.6508-57.717315.9772
51.40350.7717-0.10231.6866-0.17641.77640.0434-0.1478-0.03770.10890.0692-0.2064-0.0360.4347-0.11260.09260.0636-0.02410.257-0.07180.028524.25865.568536.8775
62.32980.99860.66041.33960.00841.6121-0.1180.07270.054-0.08450.1274-0.27490.01250.6425-0.00940.03840.00160.01260.4398-0.10690.103232.116410.617620.6815
71.24090.95390.03822.3245-0.59971.21860.07870.1541-0.1702-0.12670.0893-0.16850.62860.246-0.1680.45670.16-0.06790.1492-0.05370.0519-0.1285-24.5262-28.9627
80.96541.15450.552.45930.76060.80940.2617-0.1383-0.27290.2257-0.1052-0.01250.69790.1458-0.15650.8660.0807-0.09720.20480.01220.1994-6.1659-32.5219-12.2413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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