[日本語] English
万見
- PDB-4hwe: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha1 in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hwe
タイトルCrystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / FNIII
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Xu, Y.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment
著者: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W. ...著者: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W.R. / Luo, C.S. / Czabotar, P.E. / Garrett, T.P. / Hilton, D.J. / Nash, A.D. / Zhang, J.G. / Nicola, N.A.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,70916
ポリマ－47,4042
非ポリマー1,30514
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.364, 121.364, 152.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24342.398 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23061.533 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.5% PEG8000, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. all: 21666 / Num. obs: 21620 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 50.46 Å2
反射 シェル解像度: 2.43→2.52 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.43→42.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9416 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9156 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 1107 5.12 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1778 21607 99.38 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7733 Å20 Å20 Å2
2--2.7733 Å20 Å2
3----5.5465 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 0 80 243 3531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013359HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.254559HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1092SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes480HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3359HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.51
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion433SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3759SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.55 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 139 5.03 %
Rwork0.1788 2622 -
all0.1817 2761 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0839-0.04860.01631.6862-0.03330.62660.0227-0.06860.0801-0.06040.0074-0.03550.0525-0.0406-0.0301-0.0476-0.00110.0156-0.04490.01710.021515.522421.05927.5954
21.6077-0.720.39263.8973-0.7011.8878-0.0776-0.16410.2998-0.19730.0506-0.3052-0.5309-0.03880.02690.02780.0213-0.0156-0.1256-0.0092-0.052319.288156.241630.0847
31.61670.03020.27093.576-1.0271.240.01950.06030.1256-0.3071-0.00170.1429-0.0258-0.0375-0.0177-0.0214-0.0106-0.0286-0.06120.0095-0.054-1.552229.443615.2018
42.86650.02430.16993.3954-0.10281.51640.06410.28140.1955-0.4866-0.1392-0.2238-0.20460.19990.07510.090.01540.0448-0.1640.0653-0.148118.526858.80813.891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|2 - H|119 }H2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|120 - H|220 }H120 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|1 - L|104 }L1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|105 - L|210 }L105 - 210

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る