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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pzg | |||||||||
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Title | Crystal structure of human NA-80 Fab | |||||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhu, X. / Wilson, I.A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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Validation Report | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmcif format | ![]() ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() ![]() |
PDBML Plus | ![]() |
Others | ![]() |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6pzdC ![]() 6pzeC ![]() 6pzfC ![]() 6pzhC ![]() 6pzwC ![]() 6pzyC ![]() 6pzzC ![]() 6u02C ![]() 4kmtS ![]() 5azeS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar-shape strucutres |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell | γ α β
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23344.785 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 24793.639 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.67 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 40% PEG600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.59→44.5 Å / Num. obs: 66498 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 18.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 58 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3234 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.35 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 98.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4kmt, 5aze Resolution: 1.59→44.5 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→44.5 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refinement-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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