PDB-6pzg: Crystal structure of human NA-80 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pzg

タイトル

Crystal structure of human NA-80 Fab

要素

NA-80 Fab heavy chain
NA-80 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

antibody (抗体) / inhibition mechanism

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Zhu, X. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	U19 AI117905	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201400024C	米国

引用

ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies.
著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson /

要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...

履歴

登録	2019年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pzg.cif.gz	265.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pzg.ent.gz	217.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/6pzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	20538C 20540C 20541C 20594C 6pzdC 6pzeC 6pzfC 6pzhC 6pzwC 6pzyC 6pzzC 6u02C 4kmtS 5azeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i1c-d 6pyd-1 3qeh-1 7k3q-d 1rzi-3 5jqd-1 3wfh-d 5i8e-2 3egs-d 3eo0-1 1plg-d 4hwe-d 4xcy-3 3drt-d 2d03-d 4wht-9 2v7n-4 2ai0-4 3cfj-2 4ocy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: NA-80 Fab light chain

H: NA-80 Fab heavy chain

48.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.770, 102.770, 80.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-534- HOH
2	1	H-365- HOH

#1: 抗体	NA-80 Fab light chain 分子量: 23344.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	NA-80 Fab heavy chain 分子量: 24793.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 40% PEG600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→44.5 Å / Num. obs: 66498 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 58
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3234 / CC_1/2: 0.63 / R_pim(I) all: 0.35 / R_sym value: 0.9 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4kmt, 5aze

4kmt

5aze

解像度: 1.59→44.5 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	3374	5.08 %
R_work	0.1684	-	-
obs	0.1702	66460	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→44.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3297	0	0	446	3743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3468
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	4754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.174	2111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5856-1.6083	0.3272	124	0.2777	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6083-1.6323	0.2929	127	0.2444	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6323-1.6578	0.2535	148	0.2268	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6578-1.685	0.2522	149	0.2129	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.685-1.714	0.2525	160	0.2047	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.714-1.7452	0.2181	136	0.1971	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7452-1.7787	0.2034	117	0.2002	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7787-1.8151	0.2479	148	0.1979	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8151-1.8545	0.2121	145	0.1998	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8545-1.8977	0.2186	134	0.1965	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8977-1.9451	0.2183	153	0.1879	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9451-1.9977	0.2316	157	0.1828	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9977-2.0565	0.2191	140	0.1812	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0565-2.1229	0.2361	144	0.1801	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1229-2.1987	0.198	134	0.1751	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1987-2.2868	0.209	120	0.1736	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2868-2.3908	0.1882	144	0.1727	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3908-2.5169	0.2044	147	0.1758	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5169-2.6746	0.1948	153	0.1682	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6746-2.881	0.2067	149	0.1703	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.881-3.1709	0.1989	144	0.1734	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1709-3.6295	0.231	118	0.1577	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6295-4.5721	0.1797	150	0.1324	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5721-44.5182	0.1698	133	0.1546	2811	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4926	5.5059	-7.1161	4.1233	-5.1316	7.0224	0.4466	-0.4706	0.6009	0.3191	-0.1363	0.2093	-0.3435	0.3381	-0.345	0.2232	-0.0141	-0.0039	0.2524	-0.0634	0.2534	37.0948	-20.6704	19.6321
2	4.847	0.7741	-1.7045	2.9249	-1.087	3.0878	-0.0247	-0.275	-0.213	0.0699	-0.0875	-0.2086	0.1535	0.2198	0.0881	0.1769	0.0328	-0.0177	0.1831	-0.0007	0.1831	36.576	-29.0324	16.4339
3	2.9023	3.743	-4.3114	4.9832	-5.7088	6.6313	-0.1623	-0.1699	-0.3941	-0.0993	-0.1875	-0.4373	0.1706	0.2713	0.3628	0.1638	-0.0063	-0.002	0.2246	-0.0291	0.2036	44.2669	-9.8454	7.224
4	3.2715	-0.1761	2.3385	2.2117	0.0313	3.1626	0.0236	0.3626	0.3228	-1.2687	0.1276	0.5817	0.2919	-0.3112	0.2103	0.4445	-0.1241	-0.2781	0.3163	0.1454	0.3307	23.754	5.4214	-9.929
5	7.1475	-4.2588	0.857	4.75	-1.0989	1.5456	-0.046	-0.0964	-0.1466	-0.0834	0.2085	0.2154	-0.0228	0.0004	-0.11	0.1537	-0.0563	-0.0025	0.1659	0.0293	0.1804	31.6917	1.1218	2.4252
6	4.5942	-2.6414	-0.1373	6.1399	0.6376	1.064	0.0155	-0.0097	-0.3923	-0.0543	-0.0018	0.2681	0.0048	-0.0099	-0.0423	0.1555	-0.0368	0.0094	0.1787	0.0308	0.1108	31.898	-3.1401	2.2664
7	5.6395	-0.9308	1.2956	4.8431	-0.5177	2.4805	-0.2624	-0.1357	0.3626	-0.235	0.2193	0.8518	-0.3201	-0.3	-0.0023	0.1877	0.0047	-0.052	0.2155	0.0381	0.3037	22.3927	8.6291	-0.7424
8	8.1169	-3.3442	3.6089	5.4775	-1.4309	4.1682	-0.5288	-0.037	0.8416	0.1256	0.1984	-0.3022	-0.5485	0.0035	0.1888	0.1698	-0.0485	0.002	0.1858	-0.0057	0.1864	34.874	9.4844	1.6265
9	8.2412	-5.5973	-0.639	4.5069	0.0409	3.9853	0.2059	0.6315	-0.3189	-0.2531	-0.2671	0.3025	0.044	0.2043	0.0856	0.1655	-0.0469	-0.0473	0.2018	-0.0166	0.2407	17.8489	-30.5575	-1.341
10	3.5697	-1.3027	0.3824	3.1733	-0.1707	1.4075	-0.0989	0.0902	-0.3121	0.2682	0.0104	0.2942	0.1573	-0.158	0.078	0.2003	0.0053	0.0395	0.1883	-0.0248	0.2109	18.3321	-36.978	8.7576
11	5.7983	-1.4735	1.7662	4.8605	-1.7575	2.3963	-0.1361	0.1837	0.1891	0.1954	0.0669	0.2464	-0.0725	-0.1465	0.169	0.1296	0.0062	0.0208	0.1709	-0.0304	0.1457	16.7723	-27.3659	6.6627
12	1.1294	0.4146	0.4024	1.6168	0.3929	0.1896	-0.1769	0.1486	0.0244	-0.1991	0.1456	0.0269	0.0406	0.0396	-0.0575	0.1628	-0.0157	0.0168	0.2725	-0.0089	0.1575	25.1759	-18.4099	-0.6433
13	4.7932	2.3304	0.0654	2.0633	-0.7881	0.501	-0.9754	1.1973	-0.4194	-0.9251	0.7552	-0.168	0.2195	-0.047	0.0532	0.4616	-0.238	0.0437	0.451	-0.1207	0.2136	27.5168	-6.8031	-13.3987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN L AND RESID 0:25 )	L	0 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN L AND RESID 26:101 )	L	26 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 102:113 )	L	102 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 114:128 )	L	114 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 129:150 )	L	129 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 151:174 )	L	151 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 175:197 )	L	175 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 198:213 )	L	198 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN H AND RESID 18:82 )	H	18 - 82
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN H AND RESID 83:95 )	H	83 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 96:136 )	H	96 - 136
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 137:228 )	H	137 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)