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Yorodumi- PDB-4hwb: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hwb | ||||||
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Title | Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fab / FNIII / cytokine signaling | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-13 receptor complex / cytokine receptor activity / cytokine binding / cytokine-mediated signaling pathway / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61 Å | ||||||
Authors | Xu, Y. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2013 Title: Crystal structure of ectodomain 3 of the IL-13 receptor alpha 1 in complex with a human neutralizing monoclonal antibody fragment Authors: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W. ...Authors: Redpath, N.T. / Xu, Y. / Wilson, N.J. / Fabri, L.J. / Baca, M. / Andrews, A.E. / Braley, H. / Lu, P. / Ireland, C. / Ernst, R.E. / Woods, A. / Forrest, G. / An, Z. / Zaller, D.M. / Strohl, W.R. / Luo, C.S. / Czabotar, P.E. / Garrett, T.P. / Hilton, D.J. / Nash, A.D. / Zhang, J.G. / Nicola, N.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hwb.cif.gz | 223.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hwb.ent.gz | 189 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hwb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hwb_validation.pdf.gz | 475.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hwb_full_validation.pdf.gz | 479.9 KB | Display | |
Data in XML | 4hwb_validation.xml.gz | 22 KB | Display | |
Data in CIF | 4hwb_validation.cif.gz | 30.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/4hwb | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 14650.226 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL13RA1, IL13R, IL13RA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P78552 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 24342.398 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#3: Antibody | Mass: 23132.611 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
-Non-polymers , 3 types, 95 molecules
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Chemical | ChemComp-NHE / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.57 Å3/Da / Density % sol: 77.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9.5 Details: 1.6-2.0 M Li2SO4 0.1M CHES pH9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.61→50 Å / Num. all: 43581 / Num. obs: 42824 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 44.57 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.76 Å / % possible all: 98.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.61→47.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9194 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9074 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Displacement parameters | Biso mean: 70.44 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.441 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→47.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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