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- PDB-6fy1: Crystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fy1
タイトルCrystal structure of a V2p-reactive RV144 vaccine-like antibody, CAP228-16H, in complex with a scaffolded autologous V1V2
要素
  • CAP228 Autologous Scaffolded V1V2
  • CAP228-16H Heavy Chain
  • CAP228-16H Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 Envelope V1V2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.132 Å
データ登録者Wibmer, C.K. / Moore, P.L. / Morris, L.
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2018
タイトル: Common helical V1V2 conformations of HIV-1 Envelope expose the alpha 4 beta 7 binding site on intact virions.
著者: Wibmer, C.K. / Richardson, S.I. / Yolitz, J. / Cicala, C. / Arthos, J. / Moore, P.L. / Morris, L.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: CAP228-16H Heavy Chain
X: CAP228 Autologous Scaffolded V1V2
Z: CAP228-16H Light Chain
H: CAP228-16H Heavy Chain
G: CAP228 Autologous Scaffolded V1V2
L: CAP228-16H Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1466
ポリマ-122,1466
非ポリマー00
00
1
H: CAP228-16H Heavy Chain
G: CAP228 Autologous Scaffolded V1V2
L: CAP228-16H Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0733
ポリマ-61,0733
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
Y: CAP228-16H Heavy Chain
X: CAP228 Autologous Scaffolded V1V2
Z: CAP228-16H Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0733
ポリマ-61,0733
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.991, 73.987, 191.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CAP228-16H Heavy Chain


分子量: 25145.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGHV5-51 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F Cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 CAP228 Autologous Scaffolded V1V2


分子量: 13280.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor's autologous, minority founder variant
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: Envelope / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GnTI-
#3: 抗体 CAP228-16H Light Chain


分子量: 22647.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP228 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Memory B cell / 遺伝子: IGLV3-21 / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: Plates
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris HCl (pH8.5), 5% PEG4000, 2 M sodium chloride, 10% butanol, and cryoprotected in 25% 2,3-Butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→50 Å / Num. obs: 19842 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.936 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.21→3.27 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.812 / Rpim(I) all: 0.5 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1200009079

解像度: 3.132→40.971 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 1804 10.15 %
Rwork0.2207 --
obs0.2259 17782 87.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.132→40.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7653 0 0 0 7653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68110671
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1724657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1316-3.21630.3943960.2966843X-RAY DIFFRACTION60
3.2163-3.31090.32021360.31391249X-RAY DIFFRACTION92
3.3109-3.41770.35131530.3061275X-RAY DIFFRACTION90
3.4177-3.53980.32491390.29341239X-RAY DIFFRACTION90
3.5398-3.68140.33051350.25871280X-RAY DIFFRACTION89
3.6814-3.84880.27121410.26711242X-RAY DIFFRACTION91
3.8488-4.05160.2791430.25121235X-RAY DIFFRACTION89
4.0516-4.30520.28421390.22121237X-RAY DIFFRACTION87
4.3052-4.63720.24781410.18351222X-RAY DIFFRACTION87
4.6372-5.1030.2551410.18641227X-RAY DIFFRACTION88
5.103-5.83960.28281350.20221231X-RAY DIFFRACTION87
5.8396-7.35040.28781360.22141262X-RAY DIFFRACTION88
7.3504-40.97450.21411690.17771436X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4794-0.170.19522.99170.36655.9123-0.0715-0.13870.120.22030.196-0.42140.79790.436-0.00010.7540.03530.04380.8702-0.15130.583628.813-12.149571.7336
20.76450.0218-0.53181.8388-0.07040.30020.0443-1.0283-0.40910.26340.8138-0.4142-0.11921.40860.00581.03540.1711-0.13281.7254-0.53940.853221.594918.901894.328
30.2624-0.0783-0.05151.31230.14720.02160.21950.6184-0.375-1.19620.041-0.9064-0.33930.21820.03460.9619-0.20830.02741.03610.23770.7576-2.6995-22.87432.9609
40.36130.3391-0.30660.7425-0.04660.29580.24860.57330.1446-0.61170.23780.9422-0.8189-0.30910.00440.77490.066-0.23851.01050.16760.901813.3121-17.518650.0326
51.99630.3860.37620.24590.07970.08740.231-1.3872-1.34060.517-0.4162-0.16080.4361-0.4835-0.00980.95210.3148-0.03711.21330.09320.680619.8641-30.489255.9324
61.1191-0.2814-0.11431.07180.87480.96980.07070.08660.0419-0.0407-0.52030.25220.22080.04850.00020.9280.0880.01960.79240.04740.96452.6454-22.08131.7893
72.0257-0.72661.51515.03190.1422.4207-0.1713-0.1680.8246-0.5719-0.23580.5423-0.5915-0.5158-0.00040.71350.0617-0.09051.0108-0.18730.661210.8089-3.605262.9422
81.2984-1.68260.03843.41310.51821.1593-0.2712-0.1870.7002-1.05910.46581.0465-1.59920.17970.00861.274-0.00130.09431.4174-0.22720.789116.945419.349880.4115
91.81961.1243-0.38964.83780.82083.93090.04-0.2572-0.17670.51260.1366-0.09050.50270.187-0.00020.56350.0594-0.00960.5580.02850.52833.3801-34.776338.4439
100.8842-0.26010.58444.23420.09162.54310.16820.1999-0.0249-0.29240.0159-0.0516-0.17960.08610.00010.52220.00760.03140.4153-0.00910.60723.9096-43.2385-1.0899
111.38230.1657-0.37970.9835-1.09411.081-0.20160.7798-1.0597-1.66880.39980.6547-0.39980.6806-0.03641.4172-0.38660.1341.04750.1361.26244.2652.604941.9065
121.5583-0.3743-1.32730.1880.08531.233-0.0682-0.28660.7316-0.36340.0097-0.4208-0.80250.57430.00081.1055-0.1311-0.10750.7013-0.03180.854438.5217-13.119748.865
130.5052-0.3317-0.37460.18010.0790.32690.13921.38560.713-0.0768-0.49960.7998-0.3931-0.87740.00031.1821-0.0760.24331.22030.22251.297929.558512.68150.4438
140.86-0.20.1443.0128-0.38375.69110.0476-0.11180.0704-0.3088-0.1364-0.0695-0.7016-0.22450.00030.4279-0.06590.00930.4723-0.02840.561834.8289-16.222727.1625
154.65621.50552.48544.45090.58863.169-0.06670.2173-0.0764-0.07350.12090.0799-0.3141-0.023-0.00050.37870.0130.02640.45780.00820.443318.209-30.45245.9928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'Y' and (resid 2 through 121 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'Y' and (resid 122 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'X' and (resid 118 through 131 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'X' and (resid 157 through 176 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 177 through 192 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'X' and (resid 193 through 245 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Z' and (resid 2 through 106 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Z' and (resid 108 through 201 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 1 through 121 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 122 through 226 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 131 through 162 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 163 through 192 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 193 through 240 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 3 through 106 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 107 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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