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Yorodumi- PDB-7khh: Ternary complex of VHL/BRD4-BD1/Compound9 (4-(3,5-difluoropyridin... -
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7khh | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Ternary complex of VHL/BRD4-BD1/Compound9 (4-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-N-(11-(((S)-1-((2S,4R)-4-hydroxy-2-((4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)carbamoyl)pyrrolidin-1-yl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)amino)-11-oxoundecyl)-10-methyl-7-((methylsulfonyl)methyl)-11-oxo-3,4,10,11-tetrahydro-1H-1,4,10-triazadibenzo[cd,f]azulene-6-carboxamide) | ||||||
Components |
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Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PROTAC | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationregulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / histone H4 reader activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase binding / transcription corepressor binding / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / p53 binding / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / chromosome / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / regulation of inflammatory response / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / histone binding / cellular response to hypoxia / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.281 Å | ||||||
Authors | Murray, J.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2021Title: Antibody-Mediated Delivery of Chimeric BRD4 Degraders. Part 2: Improvement of In Vitro Antiproliferation Activity and In Vivo Antitumor Efficacy. Authors: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / ...Authors: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / Jiang, F. / Kaufman, S. / Kleinheinz, T. / Kozak, K.R. / Liu, L. / Lu, Y. / Mulvihill, M.M. / Murray, J.M. / O'Donohue, A. / Rowntree, R.K. / Sawyer, W.S. / Staben, L.R. / Wai, J. / Wang, J. / Wei, B. / Wei, W. / Xu, Z. / Yao, H. / Yu, S.F. / Zhang, D. / Zhang, H. / Zhang, S. / Zhao, Y. / Zhou, H. / Zhu, X. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7khh.cif.gz | 223.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7khh.ent.gz | 177.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7khh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7khh_validation.pdf.gz | 891.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7khh_full_validation.pdf.gz | 895.5 KB | Display | |
| Data in XML | 7khh_validation.xml.gz | 22.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 7khh_validation.cif.gz | 33.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khh | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7khlC ![]() 5t35S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 13163.781 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOB, TCEB2 / Plasmid: pDUET / Production host: ![]() |
|---|---|
| #2: Protein | Mass: 10843.420 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ELOC, TCEB1 / Plasmid: pDUET / Production host: ![]() |
| #3: Protein | Mass: 20383.080 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VHL / Production host: ![]() |
| #4: Protein | Mass: 17625.037 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD4, HUNK1 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 2 types, 337 molecules 


| #5: Chemical | ChemComp-WEP / |
|---|---|
| #6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation / pH: 8 Details: 18% w/v PEG 8K, 10% v/v PEG 200, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.07822 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.07822 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.278→68.398 Å / Num. obs: 478991 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 19.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.278→2.475 Å / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 16514 / CC1/2: 0.537 / Rpim(I) all: 0.499 / % possible all: 71.1 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5t35 Resolution: 2.281→68.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.41 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
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| Displacement parameters | Biso mean: 48.98 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.281→68.38 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.281→2.4 Å
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| Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
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