[日本語] English
万見
- PDB-7khh: Ternary complex of VHL/BRD4-BD1/Compound9 (4-(3,5-difluoropyridin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khh
タイトルTernary complex of VHL/BRD4-BD1/Compound9 (4-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-N-(11-(((S)-1-((2S,4R)-4-hydroxy-2-((4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)carbamoyl)pyrrolidin-1-yl)-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl)amino)-11-oxoundecyl)-10-methyl-7-((methylsulfonyl)methyl)-11-oxo-3,4,10,11-tetrahydro-1H-1,4,10-triazadibenzo[cd,f]azulene-6-carboxamide)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PROTAC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / VCB complex / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of DNA damage checkpoint / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation by host of viral transcription / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / negative regulation of autophagy / condensed nuclear chromosome / transcription corepressor binding / histone reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / transcription coregulator activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / p53 binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / chromosome / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / histone binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WEP / Bromodomain-containing protein 4 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.281 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Antibody-Mediated Delivery of Chimeric BRD4 Degraders. Part 2: Improvement of In Vitro Antiproliferation Activity and In Vivo Antitumor Efficacy.
著者: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / ...著者: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / Jiang, F. / Kaufman, S. / Kleinheinz, T. / Kozak, K.R. / Liu, L. / Lu, Y. / Mulvihill, M.M. / Murray, J.M. / O'Donohue, A. / Rowntree, R.K. / Sawyer, W.S. / Staben, L.R. / Wai, J. / Wang, J. / Wei, B. / Wei, W. / Xu, Z. / Yao, H. / Yu, S.F. / Zhang, D. / Zhang, H. / Zhang, S. / Zhao, Y. / Zhou, H. / Zhu, X.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1125
ポリマ－62,0154
非ポリマー1,0961
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.979, 78.979, 195.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13163.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 20383.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#4: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17625.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885

-
非ポリマー , 2種, 337分子

#5: 化合物 ChemComp-WEP / N-[11-({7-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-2-methyl-10-[(methylsulfonyl)methyl]-3-oxo-3,4,6,7-tetrahydro-2H-2,4,7-triazadibenzo[cd,f]azulene-9-carbonyl}amino)undecanoyl]-3-methyl-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide


分子量: 1096.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H67F2N9O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 18% w/v PEG 8K, 10% v/v PEG 200, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07822 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07822 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.278→68.398 Å / Num. obs: 478991 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 19.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.278→2.475 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 16514 / CC1/2: 0.537 / Rpim(I) all: 0.499 / % possible all: 71.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5t35

5t35


解像度: 2.281→68.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.41 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1116 -RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1801 24048 72.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7252 Å20 Å20 Å2
2--0.7252 Å20 Å2
3----1.4504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.281→68.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 77 336 4235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084024HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975486HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1396SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes677HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4020HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion512SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3561SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
LS精密化 シェル解像度: 2.281→2.4 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2953 36 -
Rwork0.2337 --
obs--10.16 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.36731.06433.418112.0847-3.15074.63990.4251-0.1688-0.5959-0.1688-0.13240.156-0.59590.156-0.29270.33130.1707-0.12240.1647-0.08340.1291-19.4832-28.258219.8446
21.57410.19370.31095.9424-0.10920.21870.2798-0.0318-0.0812-0.0318-0.06890.4285-0.08120.4285-0.2110.32980.1549-0.12640.2659-0.01420.1337-18.7469-28.864122.8191
33.7448-3.3636-0.77097.57071.43559.2097-0.02180.4535-0.19610.4535-0.04960.0705-0.19610.07050.07150.2260.1475-0.09710.1111-0.03210.1008-17.5575-35.812430.5814
424.0396.2405-1.793213.6001-4.59032.49530.0968-1.43430.9387-1.43430.1079-0.29870.9387-0.2987-0.20470.58220.2293-0.09840.3559-0.15630.2388-16.1355-40.373618.168
50.4759-1.43682.62673.5496-2.21373.09650.1351-0.60730.4953-0.60730.08980.62440.49530.6244-0.2250.37340.1775-0.07520.1914-0.08270.1451-19.7227-29.62416.04
67.62420.8449.82386.9155-10.017819.2969-0.17210.39670.46790.39670.9975-2.0560.4679-2.056-0.82540.50130.25190.09120.31430.08080.3505-28.4863-42.952430.7782
74.5006-4.2696-4.34644.8105-1.915100.637-1.06411.3369-1.06410.5737-0.97581.3369-0.9758-1.21070.49560.058-0.25860.34120.00720.3126-40.175-23.348314.9141
83.2509-5.72613.137836.483117.141119.2660.1763-0.50511.0793-0.5051-0.4243-1.59921.0793-1.59920.24790.5509-0.0851-0.25091.01540.15010.5512-43.5402-14.37331.7259
96.15140.30210.25454.05470.09123.3295-0.12860.0772-0.05610.07720.0873-0.077-0.0561-0.0770.04130.23540.1289-0.07840.084-0.03360.0338-25.4377-16.194628.558
105.7056-2.0934-3.93452.6601-0.45897.07060.01220.3771-0.15710.37710.02810.4763-0.15710.4763-0.04030.32120.1093-0.09630.1211-0.01530.1082-26.8798-15.353724.1227
114.3378-2.1757-1.43795.4281.118710.83250.0761-0.0458-0.2737-0.04580.23560.3089-0.27370.3089-0.31170.27690.0988-0.05110.20250.04450.1118-27.0379-12.143413.2525
1213.75375.0943-6.514211.399-10.299820.14110.33410.6387-1.18080.63870.13210.1034-1.18080.1034-0.46620.5052-0.1246-0.26510.31260.12930.4006-7.709514.4123-5.3239
138.32245.1612.07889.12093.56490-0.8723-0.50380.7047-0.50380.59890.47160.70470.47160.27330.2657-0.0105-0.10190.32710.13680.1435-6.1453-2.7023-7.4867
143.52081.3771-0.12461.7345-0.38782.7761-0.13330.1265-0.07660.12650.14770.1175-0.07660.1175-0.01440.25090.0715-0.10670.31180.13630.1508-14.28790.9829-6.4083
154.97641.3307-1.67780.0576-0.76070-0.84980.16640.13290.16640.38750.10640.13290.10640.46220.36240.1182-0.11480.44190.15140.2087-19.8436-2.98441.0259
1616.64221.6011-11.082916.4726-1.993522.9172-0.04510.6509-0.79990.6509-0.11011.4977-0.79991.49770.15520.2617-0.0012-0.25880.30820.01610.1744-5.94352.60.7582
171.6961-1.736413.54230.92696.60456.8049-0.6432-0.0996-0.6768-0.09960.61191.0837-0.67681.08370.03120.20790.0385-0.10350.43210.0150.2209-0.5648-3.6883-3.8505
182.0530.2559-3.39393.06131.71213.8615-0.2154-0.2418-0.149-0.24180.0727-0.3841-0.149-0.38410.14270.32120.1244-0.0820.3680.20140.3127-32.8826-6.60116.296
191.4433-2.3327.234711.90172.94747.34550.62310.3834-0.84470.38340.0225-1.5471-0.8447-1.5471-0.64550.37740.3302-0.0830.44620.06730.4113-38.1665-0.62669.9825
2026.00785.453213.083623.79693.593726.87050.47193.3873-0.43123.3873-0.3513-0.5442-0.4312-0.5442-0.12060.8440.21150.14070.54860.10380.3728-17.976710.66718.0849
21-4.37812.32598.45367.6067-1.12297.6962-0.7147-0.0234-0.4359-0.0234-0.02081.3707-0.43591.37070.73550.1848-0.0241-0.01080.35710.16820.1303-21.0620.6336-29.7316
225.4679-2.9535.019112.2425-1.43611.4573-0.15-0.06920.3502-0.06920.7761-1.14170.3502-1.1417-0.62610.1205-0.0515-0.01010.599-0.00480.2414-40.966913.7268-29.049
2310.58950.3873-0.388810.013-3.42180-0.20450.6384-0.27450.63840.1372-0.3985-0.2745-0.39850.06730.2867-0.0141-0.02290.3950.06280.0763-28.12936.4106-15.8122
2417.89574.0988.7175.12390.7920-0.0652-0.1676-0.7371-0.1676-0.31111.4635-0.73711.46350.37630.28880.0336-0.05640.44970.1770.2737-13.242314.3171-22.8578
256.38440.46710.19143.7881-1.0921.4057-0.139-0.44780.3903-0.44780.1166-0.23260.3903-0.23260.02240.1281-0.02360.00990.23230.0048-0.0238-27.231210.2185-29.5325
2610.4509-8.09666.6729-2.9204-0.432300.29112.07672.25072.07670.14262.65392.25072.6539-0.43371.04660.21770.16220.60870.13691.0148-11.4849-0.9204-24.3636
2735.34179.57086.13410.88851.7570-0.1931-0.23921.0356-0.2392-0.0178-0.33671.0356-0.33670.21090.1468-0.01690.01070.08460.03760.0781-27.684-1.5436-21.2644
280.01830.048916.991514.8922-5.47630-1.52560.658-1.19930.6581.7294-2.9139-1.1993-2.9139-0.20390.3781-0.2077-0.14681.25650.42020.8244-47.51433.3765-28.2911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|9 }A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|10 - A|23 }A10 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|24 - A|45 }A24 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|46 - A|60 }A46 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|61 - A|79 }A61 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|80 - A|90 }A80 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|91 - A|100 }A91 - 100
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|101 - A|105 }A101 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|17 - B|46 }B17 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|47 - B|83 }B47 - 83
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|84 - B|112 }B84 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|61 - C|70 }C61 - 70
13X-RAY DIFFRACTION13{ C|71 - C|78 }C71 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|79 - C|121 }C79 - 121
15X-RAY DIFFRACTION15{ C|122 - C|131 }C122 - 131
16X-RAY DIFFRACTION16{ C|132 - C|141 }C132 - 141
17X-RAY DIFFRACTION17{ C|142 - C|151 }C142 - 151
18X-RAY DIFFRACTION18{ C|152 - C|177 }C152 - 177
19X-RAY DIFFRACTION19{ C|178 - C|193 }C178 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20{ C|194 - C|208 }C194 - 208
21X-RAY DIFFRACTION21{ D|42 - D|51 }D42 - 51
22X-RAY DIFFRACTION22{ D|52 - D|68 }D52 - 68
23X-RAY DIFFRACTION23{ D|69 - D|83 }D69 - 83
24X-RAY DIFFRACTION24{ D|84 - D|96 }D84 - 96
25X-RAY DIFFRACTION25{ D|97 - D|139 }D97 - 139
26X-RAY DIFFRACTION26{ D|140 - D|144 }D140 - 144
27X-RAY DIFFRACTION27{ D|145 - D|163 }D145 - 163
28X-RAY DIFFRACTION28{ D|164 - D|168 }D164 - 168

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る